limma包中的数据对象(data objects)

limma包主要生成和使用6种数据对象(data objects)

EListRaw
全称Raw Expression list. 储存normalization前的single-channel raw intensities. Intensities没有进行log转换。1个探针1行,1个array1列。
例:函数read.ilmn() 可以生成EListRaw

EList
全称Expression list. 进行过背景校正(background correct)和归一化的log-intensities.
例:EListRaw输入至normalizeBetweenArrays() 或neqc()会输出EList。

RGList
全称Red-Green list. A class used to store raw two-color intensities as they are read in from an image analysis output file,
例:read.maimages()函数输出RGList

MAList
全称Two-color intensities converted to M-values and A-values,“ i.e., to within-spot and wholespot contrasts on the log-scale. ”(这句不太明白,spot怎么理解)
例:RGList输入至MA.RG() 或normalizeWithinArrays()函数输出MAList。
该对象每1个spot 1行,可能有多个spot因此每1个探针有多个行对应

MArrayLM
全称MicroArray Linear Model.
Store the result of fitting gene-wise linear models to the normalized intensities or log-ratios(log-ratios是怎么得到的).
例:由lmFit()函数输出. 每1个探针1行

TestResults
Store the results of testing a set of contrasts equal to zero for each probe. (contrast怎么理解)
例:由decideTests()函数输出. 每1个探针1行

操作以上六种数据对象同操作R中的list对象一样
例:MAListM即可提取该对象的M值矩阵;MArrayLMcoef可以提取该对象的系数。也可以通过操作矩阵的方式操纵上述对象。如summary, dim, length, ncol, nrow, dimnames, rownames, colnames。也可以用cbind, rbind, merge合并多个数据对象,例如cbind(RG1, RG2)。

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