义熙八年（公元412年）夏，四月，刘道规以疾求归，下诏许之。刘道规在荆州累年，秋毫无犯。及归，府库帷幕，俨然若旧。在回京途中，刘道规随扈甲士中有二人见所乘舟船进水脏污，船泊岸后，于市中强拿百姓一卷蔺草席铺于船舱内，好让刘道规有个干净坐处，孰料那草席小贩在码头哭闹不已，卫士喝道：“我家刘大人灭桓玄，平卢循，于国家有大功，拿你一席，有何相害，旁人礼送尚且不及？”
刘道规在船舱中闻讯，强撑病体，走出来，问明情由，数倍付钱于小贩，然后给卫士跪下施礼。
二人大窘，忙跪下还礼，刘道规脸色苍白，声音嘶哑道：“二位随我日久，出生入死，于我有救命之恩，今跪谢你等，是为私恩。”说罢，又颤巍巍站起，道：“你等乱我国法，坏我军规，必要明正典刑，以儆效尤。”
二人大惊，跌坐在地。其余卫士齐齐跪倒求情，岸上百姓听闻，也一齐跪倒求情。
刘道规不为所动，道：“你等死后，妻子老母，自有国家奉养，我来尽孝。”
说罢，令人将此二人刑之于市，众人惊叹不已。
刘道规回到建康后不久，便因病去世，时年四十三岁，追赠侍中、司徒，谥号烈武。刘裕痛哭不已，诸弟中唯刘道规文可安邦，武可定国，为不世出之才，而其英年早逝，失一大助，能不痛哉。刘道规膝下无子，刘裕以其二弟刘道怜次子刘义庆为其嗣子，承继香火，刘义庆写下了千古名篇《世说新语》。
刘道规乞病归，荆州刺史之位空悬，刘毅请镇荆州，刘穆之对刘裕道：“荆州地处上游，当以亲厚任之，盘龙若居此，恐成尾大不掉之势。”
刘裕哼了一声道：“多行不义必自毙，我为庄公，其为段乎？（见郑庄公克段于鄢的典故）”，遂许之，以刘毅为卫将军、都督荆、宁、秦、雍四州诸军事、荆州刺史。
刘毅上任前，因于左卫将军刘敬宣素有嫌隙，欲施庾悦故计，便过府拜访，对刘敬宣道："我忝任荆州，无人相助，孤掌难鸣，你我旧识，欲屈卿为长史兼任南蛮校尉，岂有见辅之意乎？"
刘敬宣大惧，连连摆手道：“敬宣才智浅陋，性素愚钝，不堪大任，望公另选贤明。”
刘毅微笑道：“表章已上，诏命不日可达，望卿早作准备。”说罢，飘然而去。
刘敬宣吓出一身冷汗，连夜进府拜见刘裕，哭告于地，道：“刘公救我，刘公救我。”
刘裕连忙把他扶起，问明情由，刘裕笑道："万寿莫慌，此事易为耳。你与青州士民有旧交，可任青州刺史。一来为国分忧，二来可避眼前之祸。"
刘敬宣有些惶恐道：“敬宣功劳不显，恐众人不服。”
刘裕抚慰道：“但令老兄平安，必无过虑，他人不过尔尔。”
刘敬宣眼含热泪，感动至极。
次日，便有诏下，令刘敬宣出为使持节、督北青州军郡事、征虏将军、北青州刺史，领青河太守，镇守广固，寻领冀州刺史。
刘毅闻之，徒呼奈何。
刘毅性素刚愎，自谓京口首义之功与刘裕相若，故深自骄矜，虽权推刘裕为首而心实不服。及镇地方，常怏怏不得志。刘裕每柔而顺之，所请皆允，刘毅并不领情，骄纵日甚，曾对左右言道："恨不遇刘、项，与之争中原！"刘裕听闻后，淡淡道：“盘龙志大才疏，后必受辱。”
后刘毅果败于桑落洲，知物情已去，不复与刘裕争锋，愈加愤激。刘裕素不学文，而书法尤拙，刘穆之劝谏道："此虽小事，然传播四方，损公令名，愿公小复留意。可纵笔为大字，一字径尺，无嫌其大。大既足有所包，且其势亦美。"刘裕从之，一纸不过六七字便满，当时名士颇笑之，谓其可与王珣之如椽大笔相提并论。而刘毅颇通文墨，故朝士有清望者多倾心归附，与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施，深相接纳。郗僧施，郗超之侄，郗超为桓温谋主。
刘毅既任荆州，暗有与刘裕分庭抗礼之志，上表言荆州编户不足十万，器械不精。广州虽凋残，犹出丹漆之用，求加督交、广二州。刘裕许之。
刘毅又奏以郗僧施为南蛮校尉后军司马，毛修之为南郡太守，刘裕又许之，以刘穆之代郗僧施为丹阳尹。
刘毅赴任前上表求至京口祭祖辞墓，朝廷许之，刘裕亲往相会。行前，宁远将军胡藩密与刘裕道："公谓刘卫军终能为公下乎？"刘裕默然无语，久之，才问道："卿谓何如？"胡藩道："连百万之众，攻必取，战必克，毅不如公。至于涉猎文学，一谈一咏，公不如毅，而士大夫不念太尉定国之功，皆思卫军高谈阔论，辐凑归之。恐卫军以此为凭借，与公争天下，终为腹心之患，不如借此相会之际取之，永绝后患。"
刘裕思索半日，摇摇头道："我与刘毅起于寒微，京口起兵，同历艰险，才有今日之功，其过未彰，不可自相图也。"
胡藩叹道：“公有霸王之勇，万不可学霸王之仁，养虎遗患。”
刘裕不听，与刘毅相会于建康南郊之倪塘，二人抚今忆昔，感慨万千，把酒言欢，尽兴而返，此为二人最后一次相见。
刘毅赶赴江陵上任，路过浔阳，将豫州文武、江州兵力万余人带至荆州，朝廷也未理会。
刘毅到任后，任免官吏，悉用亲信，诸事粗备后，刘毅有些得意对郗僧施道：“昔刘备之有孔明，犹鱼之有水。今我与足下虽才非古贤，而事同斯言，可借此一争天下。”未及三月，刘毅疾重，郗僧施等恐刘毅死，其党危殆，乃劝刘毅请其从弟兖州刺史刘藩来荆州为助，以备不虞。
太尉刘裕收到刘毅表奏，与刘穆之商议对策，刘穆之道：“若刘毅病没，刘藩继之，则荆州又成一桓楚，若刘毅病愈，刘藩为之助，则其羽翼已成，其势难制。当不允所请。”
刘裕听后，略一思索，道：“允之，急令刘藩入朝觐见。”
刘穆之愕然，刘裕道：“我自有主张。卿可为之。”
刘穆之起草文书，命人急召刘藩入京。
刘藩时任兖州刺史，镇广陵，先前已得刘毅家书，要其赴荆州为助，觉朝廷未必准许，得到诏书后，甚为诧异，急忙快马入朝，九月十二日，刘藩先行进东府拜见刘裕，刘藩一向为刘裕所属，从心底对刘裕更为亲近，刘藩见礼之后，问刘裕起居，刘裕面沉如水，忽大喝一声道：“刘藩，你兄弟做得好事！”
刘藩惊坐于地，问道：“太尉何事发怒？”
刘裕道：“刘毅赴荆州任所，因何未奉朝廷之命，擅自带豫、江二州文武万余西去？”
刘藩闻言大惊，此事他以为朝廷已然默认，然若以罪论处，则为谋反大罪，当族诛，刘藩忙磕头不已，道：“刘毅所为，臣实不知，若朝廷怪罪，臣当赴荆州劝其上表谢罪，待朝廷责罚。”
刘裕冷笑了几声，道：“时至今日，你以为能复至荆州乎？你兄弟二人暗聚甲兵，外托省疾，实则伺隙，同恶相济，图谋不轨，来人，将其押赴有司，细细审问，除恶务尽。”话音未落，就有甲士上前，将刘藩按翻在地，捆了个结结实实，押赴廷尉审讯。
未过多久，刘藩就招供，与刘毅、谢混等人同谋叛乱，刘裕遂上表安帝，赐刘藩及谢混死，免刘毅所兼本职，立即起兵讨伐。
谢晦闻变，求告于刘裕道“城门失火，殃及池鱼，愿公怜之。”
刘裕面色如常，徐徐道：“北冥有鱼，化为神乌，光耀天地，然天无二日，后羿射之。若其潜于深渊，后羿何能害之？”
谢晦闻言，默然无语，退出东府。刘藩、谢混当日即被赐死。
次日，诏下，大赦天下，以前会稽内史司马休之为都督荆、雍、梁、秦、宁、益六州诸军事、荆州刺史；北徐州刺史刘道怜为兖、青二州刺史，镇京口。使豫州刺史诸葛长民监太尉留府事。刘裕担心诸葛长民难以独任，乃加刘穆之为建武将军，配置佐吏，多领军兵以防有变。
