我国公务员薪酬管理经过几次大的改革，较之以前的工资制度的确更为科学合理，但整个公务员薪酬体系的设计缺乏宏观性和系统性也是不能忽略的问题。我国公务员薪酬制度改革中的与时俱进，大多都是指根据现实中出现的问题对原有体系的缝缝补补，并没有从整个宏观上设计体系及体系的调整机制，导致公务员薪酬制度问题改完再来，亦或者改完也因原有陈旧体制的刚性限制而不能发挥明显作用。具体来说，可表述为一下几点。
第一，结构设计存在缺陷，缺乏弹性调整机制。我国公务员群体的薪酬结构在2006年工资改革后产生了较大变化，职务工资和级别工资合并为基本工资，使工资结构得到简化。但公务员的薪酬结构仍为明显的结构工资制而并非更加科学的复合工资制，大多数公务员拿到的仍是死工资。只要公务员职务级别相同或相近，无论工作量大小、工作任务轻重，最终得到的报酬都差不多。
第二，以基本工资为主的薪酬系统与以奖金、津贴和补贴组成的薪酬系统倒挂。因为我国公务员的工资标准设计并未考虑地区差异而全国统一，使公务员工资难以与当地生活指数相适应，一般来说是靠工资结构中的奖金、津贴和补贴来进行调整。
第三，绩效工资比例过小。绩效工资对公务员的激励作用是较为明显的。2003年英国政府在改革高级公务员薪酬制度时引入了绩效工资制，以突出工作成绩显着，表现出众的公务员，取得了较为明显的效果。目前我国公务员薪酬中货币化绩效工资所占部分很少，奖金获得方式和发放标准未实现科学统一，职级工资与绩效工资没有很好的结合，加剧了平均主义的倾向，无法体现按劳分配的原则和激励功能。绩效工资在公务员薪酬结构中的缺乏或缺失，直接导致公务员报酬分配严重欠缺内部公平性，不仅难以激励公务员提高工作效率，更有可能导致组织优秀人才的流失，必须加以改革。
