day3-linux环境下的软件安装
（以conda为例）
conda介绍
conda是最方便快捷的软件下载器，相当于App Store，90%以上的软件都可以在上面搜到，安装。日常生信使用Miniconda就可以了。
如何将miniconda下载到服务器上
谷歌（百度）搜索"miniconda清华（清华的conda镜像网站）"
=》查看服务器的位数：
输入命令
nuame -a=》安装最新版本（latest）
=》右键-复制下载链接
登录服务器
cd ~/biosoft
wget + 链接
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh是脚本（就是一个程序的代码）文件的后缀，即使一个下载的脚本
怎么安装miniconda
（如果进行下去，失败了，需要从这里重来）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
然后就开始了安装过程，中间按回车跳过版权信息
当看见一行“Do you accept the license terms?[yes|no]”说明安装要开始了【程序让你enter就enter,让你yes就yes】
安装成功
激活miniconda
source ~/.bashrc激活conda
命令行输入conda，出现满屏信息说明成功了
如果报错，说明source ~/.bashrc命令执行出现问题
添加镜像
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件的速度就会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
#使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
1.查看当前服务器上安装的所有软件功能列表
conda list
2.安装软件
conda install fastqc -y
【-y 是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】默认安装最新版本，但是有的软件最新版本bug比较多，可能需要用到老版本。如果要指定版本，可以
conda install fastqc=0.11.7 -y
3.确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc --help，如果出现一大片文字（软件的帮助文档），则安装成功（只有安装成功的软件 才能看见它的帮助文档）
4.卸载软件
conda remove fastqc -y
conda环境
·查看当前conda环境
conda info --envs
案例：创建一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定Python版本是3
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建完成后，再次查看conda环境，
conda info --envs
激活新的conda环境
conda activate rna-seq，默认*转移到rna-seq
输入
fastqc，出现帮助文档，则安装成功提出当前环境，运行
conda deactivate
