1.Assembly

1.1质体基因组

1.1.1NOVOPlasty

program language：Perl

Reference：

   10.1093/nar/gkw955（Nucleic Acids Research ，2016）

   10.1093/nargab/lqz011（NAR Genomics and Bioinformatics，2020）

Manual：https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty

Link：https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty

1.1.2GetOrganelle

program language：Python

Reference：10.1101/256479（bioRxiv ，2019）

Manual：https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle

Link：https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle

1.2核基因组

1.2.1Velvet

program language：C

Algorithm：De Bruijn graph（DBG）

Reference：

   10.1101/gr.074492.107（Genome Research ，2008）

   10.1371/journal.pone.0008407（Plos One，2009）

Manual：

    https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_poster.pdf

    https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/Manual.pdf

    https://github.com/dzerbino/velvet/blob/master/Manual.pdf

Link：

    https://github.com/dzerbino/velvet

    https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

1.2.2HGAP

Reference：10.1038/nmeth.2474（Nature Methods ，2013）

Manual：

    https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/HGAP-1.4

    https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/HGAP

Link：https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/HGAP-1.4

1.2.3Falcon

program language：Python

Reference：10.1038/nmeth.4035（Nature Methods，2016）

Manual：https://github.com/PacificBiosciences/FALCON/wiki/Manual

Link：https://github.com/PacificBiosciences/FALCON

1.2.4Miniasm

program language：C

Reference：10.1093/bioinformatics/btw152（Bioinformatics，2016）

Manual：https://github.com/lh3/miniasm/blob/master/README.md

Link：https://github.com/lh3/miniasm/

1.2.5CANU

program language：C++

Reference：10.1101/gr.215087.116（Genome Research，2017）

Manual：https://github.com/marbl/canu/blob/master/documentation/source/tutorial.rst

Link：https://github.com/marbl/canu

1.2.6Hinge

program language：C++

Reference：10.1101/gr.216465.116（Genome Research，2017）

Manual：https://github.com/HingeAssembler/HINGE

Link：https://github.com/HingeAssembler/HINGE

1.2.7racon

program language：C++

Reference：10.1101/gr.214270.116（Genome Research，2017）

Manual：https://github.com/isovic/racon

Link：https://github.com/isovic/racon

1.2.8MECAT

program language：C++

Reference： 10.1038/nmeth.4432（Nature Maethods，2017）

Manual：https://github.com/xiaochuanle/MECAT

Link：https://github.com/xiaochuanle/MECAT

1.2.9SMARTdenovo

program language：C

Reference：no publication informations

Manual：https://yiweiniu.github.io/blog/2018/04/Genome-Assembly-Pipeline-SMARTdenovo/

Link：https://github.com/ruanjue/smartdenovo

1.2.10SOAPdenovo2

program language：C

Reference：no publication informations

Manual：https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2

Link：https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2

1.2.11wtdbg2-MPI

program language：C

Reference：

   10.1101/530972（bioRxiv，2019）

   10.1038/s41592-019-0669-3（Nature Methods，2019）

Manual：https://github.com/ruanjue/wtdbg2/blob/master/README-ori.md

Link：https://github.com/qzwlecr/wtdbg2-MPI

2.Annotation

2.1质体基因组

2.1.1GeSeq

Reference： 10.1093/nar/gkx391（Nucleic Acids Research，2017）

Manual：

    https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/gs_documentation.html

    http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1192085.html

Link：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html

2.1.2PGA（Plastid Genome Annotator）

program language：Perl

Reference： 10.1186/s13007-019-0435-7（Plant Methods，2019）

Manual：

    https://github.com/quxiaojian/PGA

    https://www.jianshu.com/p/6ac8a9fad9c9

    http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1198528.html

Link：https://github.com/quxiaojian/PGA

2.2核基因组

2.2.1RepeatMasker(for repeat sequence)

program language：Perl

Reference：Smit, AFA, Hubley, R & Green, P. RepeatMasker Open-4.0.2013-2015 <http://www.repeatmasker.org>.

Manual：http://www.repeatmasker.org/webrepeatmaskerhelp.html

Link：http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html

2.2.2BRAKER(for gene structure)

program language：Perl

Reference：

   10.1186/1471-2105-7-62(BMC Bioinformatics，2006)

   10.1093/bioinformatics/btn013(Bioinformatics，2008)

   10.1093/bioinformatics/btv661(Bioinformatics，2016)

   10.1007/978-1-4939-9173-0_5，1962:65-95(Methods in Molecular Biology，2019)

Manual：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER

Link：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER

2.2.3Maker (for gene structure)

Reference：10.1101/gr.6743907(Genome Research，2008)

Manual：

    https://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Main_Page

    http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial

Link：http://www.yandell-lab.org/software/maker.html

2.2.4MAKER-P  (for gene structure)

Reference：no pubilished info

Manual：https://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Main_Page

Link：http://www.yandell-lab.org/software/maker-p.html

2.2.5eggNOG-mapper(for gene function)

program language：Python

Reference：

    10.1093/molbev/msx148（Molecular Biology and Evolution，2017）

    10.1093/nar/gky1085（Nucleic Acids Research，2019）

Manual：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2

Link：

   http://eggnog-mapper.embl.de/

   https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper

3.Correction

3.1pilon

program language：Scala

Reference：10.1371/journal.pone.0112963（PLoS ONE，2014）

Manual：https://github.com/broadinstitute/pilon/wiki/Methods-of-Operation

Link：https://github.com/broadinstitute/pilon

3.2redundans

program language：Perl

Reference：10.1093/nar/gkw294（Nucleic Acids Research，2016）

Manual：

     https://github.com/lpryszcz/redundans/blob/master/docs/poster.pdf

     https://github.com/lpryszcz/redundans

Link：https://github.com/lpryszcz/redundans

3.3TGS-GapCloser

program language：C++

Reference：10.1101/831248（bioRxiv，2019）

Manual：https://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser

Link：https://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser

4.Evaluation

BUSCO

Reference：10.1007/978-1-4939-9173-0_14（Methods in Molecular Biology，2019）

Manual：https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html

Link：https://github.com/c-omics/busco