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最近处理扩增子数据,很多数据需要转化整理,从而适用于ggplot2系列的可视化工作,之前常常在Excel表格中手动整理,今天记录写一下使用tid...
1. 将fasta中的header name替换为对应的fasta文件名 2. 提取fasta文件第一条序列信息 3. 批量修改文件名
1. 修改的需求 2.在R中实现目的
在使用一些生信软件前,你需要将你自己的数据整理成软件要求的格式,软件以及流程跑完了产出的文件,也需要整理成你自己想要的格式,以便于你将结果投喂给...
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 细菌基因组组装最佳软件(主观感受),可进行二代组装,三代...
堆叠图主要看不同菌群在该样本中的相对比例,把每个样本的情况或者每个处理组的情况展示出来,可以大致看出样本的重复性好坏和不同处理间的某些菌群变化趋...
最近做细菌比较基因组学分析,跑了一下Roary软件,出来了一些结果和图,看了看Roary软件github上的作图代码,使用的python语言对系...
细菌质粒相比较于细菌染色体基因非常容易发生水平转移,质粒可从环境中获得质粒或丢失掉。质粒的存在往往有利于细菌的生存,,质粒上常常带有抗生素抗性基...
数据的分析和可视化工作没有止境! 1. alpha多样性数据导入和整理 数据来自公司给的alpha多样性指数数据表格,主要包括Observe,C...