Ray
ray将会创建一个现在的框架图像的渲染（ray-traced）图像。我们平常使用pymol的时候可能就是直接ray一下出图，其实ray有许多功能可以挖掘，这里简单介绍一小部分。
使用
ray [width,height [,renderer [,angle [,shift ]]]
angle和shift将会生成立体的配对
width和height为设置ray的长宽，可以超出现在的框架
例子
默认图像
3fbi-1.png
简单渲染
#全部使用默认设置
ray
3fbi-2.png
PyMol API
cmd.ray(int width,int height,int renderer=-1,float shift=0)
设置
渲染模式
设置Ray_trace_mode设置可以修改最终成图的时候的PyMOL的内部渲染蛋白的模式.
下面可以查看不同模式的效果
# 普通颜色
set ray_trace_mode, 0
# 普通颜色+黑色线
set ray_trace_mode, 1
# 仅包含黑色线
set ray_trace_mode, 2
# 倍色+黑色线
set ray_trace_mode, 3
# 建议设置
set antialias, 2
# 更改线的颜色
set ray_trace_color, magenta
效果如下
ray_trace_mode, 1
3fbi-3.png
ray_trace_mode, 2
3fbi-4.png
ray_trace_mode, 3
3fbi-5.png
ray_trace_color, magenta
3fbi-6.png
透视
在0.98版本以后，渲染速度得到了提升，选择的开关如下:
set orthoscopic, off
set orthoscopic, on
放大近景如下:
set field_of_view, X
当50<X<70，默认为20.50-70 拥有非常强的透视效果。透视的轴为Y轴，而不是X轴
orthoscopic, off
3fbi-7.png
orthoscopic, on
3fbi-8.png
set field_of_view, 70
3fbi-9.png
不知道为何我做出来没有效果，可以看官方的图例
[图片上传中...(3fbi-10.png-aae662-1519623768708-0)]
渲染
renderer = -1 为默认渲染
renderer = 0 为PyMOL内部渲染器
renderer = 1 使用PovRay渲染器， Unix-only
例子如下
# ray trace with an external renderer.
ray renderer=0
比较了一下-1和0模式的效果差别不大。
