故事发生在一个生活节奏很慢的梅科姆老镇，人们悠哉悠哉地过着不紧不慢的生活。天真活泼的斯库特和温厚睿智的父亲阿迪克斯、像个小大人般整天呵护着妹妹的杰姆一家人，加上做厨娘的黑人卡波妮一起住在镇居民区的主街上。和蔼可亲的父亲经常陪斯库特兄妹俩玩，教他们读书，一家人其乐融融。
那个夏天，迪尔走进了斯库特兄妹俩的生活。三个天真无邪的孩子成了整天玩在一起的好伙伴。
迪尔听兄妹俩说起隔壁邻居拉德利家住着一个身份不明的家伙，外界传言是一个恶毒的幽灵，听人说起他的样子就足以让孩子们一连老实好几天，兄妹俩从来没有亲眼看见过。据说他会在夜里等到月亮落下去的时候溜出来，偷偷往人家的窗户里面窥探。如果谁家种的杜鹃花被寒流冻坏了，那肯定是他往花上吹了口气。梅科姆镇发生的所有小偷小摸之类的勾当，他都摆脱不了干系。有一段时间，一连串病态的夜间犯罪让镇上的居民心惊肉跳：人们家里养的鸡和宠物不断惨遭毒手。虽然作案者疯子艾迪掉进巴克湾里淹死了，但人们仍然盯着拉德利家，不想打消他们最初的怀疑。随便一个黑人，到了晚上从来不从拉德利家门前经过，而是横穿到对面的人行道上，一路走一路吹口哨。梅科姆学校的操场连着拉德利家的后院，院里的鸡圈旁边有几棵高大的胡桃树，总有一些果实掉落到学校操场这一边，但那些胡桃散落在地上，孩子们谁也不敢去碰，因为拉德利家的胡桃吃了会死人的。如果有人把棒球打进了拉德利家的院子里，谁也不会想法子拿回来，就当是丢了……
那座房子早在兄妹俩出生之前就笼罩着一层阴影。尽管拉德利一家人在镇子里的任何地方都被人们欣然接纳，但他们却选择离群索居，这在梅科姆镇是个不可原谅的怪癖。他们不去教堂——这是梅科姆镇最重要的娱乐活动，他们却选择在家里做礼拜；拉德利太太在上午十点来钟的时候几乎从来不串门去邻居家喝咖啡，当然也从来没有加入过布道会。斯库特从来不知道拉德利先生从事什么行当——杰姆说他的工作是“买棉花”，这是“什么也不干”的委婉说法，不过，在所有人的记忆里，拉德利先生和太太以及他们的两个儿子一直生活在这里。拉德利家在星期天总是门窗紧闭，这又和梅科姆镇的生活方式格格不入：关门闭户意味着家里有人生病或者天气寒冷。而问父亲阿迪克斯有没有幽灵这回事，父亲斩钉截铁的说不对，不是这么回事儿，要把一个人变成幽灵有的是办法。并警告兄妹俩管好自己的事，别去靠近那座宅子。
然而拉德利家的宅子让迪尔着了迷。兄妹俩的警告和劝说他全都当成了耳旁风，那座宅子就像月亮吸引海水一样把迪尔深深地吸引住了，不过也只是把他吸引到了拐角的路灯柱那里，离拉德利家的大门还有一段安全距离。他总是站在那儿，抱着那根粗柱子，凝视着，思索着，守望着，等候着，期待着；想方设法怂恿兄妹俩弄出各自动静，想把怪人引出来。三个孩子不知有多少次从这里路过，在宅子附近自编自演着一出莫名其妙的小话剧， 偷偷摸一下怪人家的房子然后又飞快的逃跑，接下来一次哥哥再次靠近房子，仓惶逃跑中把裤子划破了落在了栏杆上，最后孩子们走近房子，商量好递给怪人一封信，哥哥踯躇不前，身后拖着一根鱼竿想把信送到宅子的窗户上，然而把信捅破了都没得逞。
孩子们的闹腾和纯真宛如唱着动听歌谣的知更鸟，给幽禁在宅子里的怪人阿瑟数年中如一潭死水的生活注入了鲜活的生机和美好。接下来兄妹俩从那个树洞里取出一件又一件礼物，两个用香皂刻成的娃娃、一只坏了的怀表外加表链、两枚吉祥币。哥哥的裤子被缝好了折得整整齐齐的搁在栏杆上。在邻居取暖引发的一场火灾中，怪人阿瑟悄无声息的给在院门前冻得瑟瑟发抖的妹妹斯库特盖上毯子。
最后，刚正不阿的父亲阿迪克斯竭尽所能帮助黑人汤姆，大义凛然的给被诬告的汤姆辩护，本性纯良、乐于助人的汤姆只是屡次帮助原告，反倒被原告以怨报德诬告为强奸，在一件件的铁证面前，仅仅因为汤姆是黑人的身份，依然被无辜的冤判为死刑 ，而汤姆感觉求生无望，最终在越狱时被当场击毙。汤姆死了，事情却还没结束，原告的父亲因为名声扫地到处找不到工作，迁怒于与审批案件有关的阿迪克斯等人，在一个漆黑的夜晚追踪残害斯库特兄妹俩人，导致哥哥杰姆骨折昏迷，危机时刻，怪人阿瑟挺身相助，斯库特幸免于难。在阿瑟的世界里，兄妹俩就像是两只可爱纯良的知更鸟，而竟然有人想去杀死她们，阿瑟便像从天而降的英雄一般出现在了斯库特的面前，用树枝绊倒了恶人，作恶多端的坏蛋恰巧倒在了他自己带来的刀口上，这是他杀死一只知更鸟得到应有的惩罚。
最后，阿迪克斯抱着斯库特守在杰姆的床边读一本书，是杰姆的一本书，叫《灰色幽灵》。
“ 书里说的是一条船和三指弗雷德的故事，还有斯托纳小子，众人全都以为是斯托纳小子在他们的俱乐部里捣乱，以为是他把墨水洒得到处都是 ，他们到处追踪斯托纳小子，可就是抓不着，因为他们都不知道他长什么模样。他们后来终于见到了他，这才知道他根本没有做过那些坏事儿，他其实是个非常善良的人……”
“斯库特，大多数人都是善良的，等你最终了解他们之后就会发现。”阿迪克斯关上灯，守护在杰姆的床边……
