北魏司徒崔浩，自恃才能和谋略都很高明，并且被拓跋焘所信任，于是独揽朝中大权。他曾经推荐冀、定、相、幽、并五个州的士人几十人直接做郡守。

太子拓跋晃说：“早先征聘的人才，也是被作为州郡官入选的，他们担任这一职务也很久了，辛辛苦苦却一直没有得到过朝廷的回报，应该首先让他们作郡县守令，让新征聘的人代替他们做郎吏，而且太守、县令管理百姓，应该由经历过世面有经验的人来担当才是。”

但是，崔浩坚持力争，要派这些人就任。高允听说后对管恬说：“崔浩恐怕免不了一场灾祸，为了顺遂自己未必正确的私心而同朝廷中有权势的人对抗争胜，他将用什么来保全自己呢？”

拓跋焘曾命令尚书邓渊撰写《国记》十余卷，还没写完就被赐死了。后来拓跋焘任命崔浩兼管秘书事务，让他和高允等人继续编撰《国记》，并交代他们说：“一定要根据事实来撰写。”

著作令史闵湛、郗标很受崔浩宠信。崔浩曾经注解过《易经》、《论语》、《诗经》、《书经》，闵湛、郗标就上疏建议说：“马融、郑玄、王素、贾逵所作的注解，都不如崔浩的准确有深度，我们恳求陛下没收国内由这些人所住的各种书，颁布崔浩的注本，命令全国上下都来学习。我们还请求陛下下令让崔浩继续注解《礼记》，使后人将来能看到正确的释义。”

崔浩也极力推荐闵湛、郗标有著书立说的才能。而闵湛、郗标还跑来建议崔浩把他所撰写的《国史》刻在石碑上，以此来显示作者崔浩的秉笔直书。

高允听说这件事后又对宗钦说：“闵湛、郗标所搞的这一切，若有一点差错，恐怕就会给崔家带来万世的灾祸，我们这些人也不会幸免。”

崔浩竟然采纳了闵湛、郗标的建议，把《国史》刻在了石碑上，立在郊外祭祀的神坛东侧，占地一百步见方，这一工程共使用劳力三百万。

崔浩写北魏祖先们的事迹，每件事都非常详细真实而且无所避讳，尽述拓跋氏的历史，其中直书了拓跋氏一些不愿为人所知的早期历史。他把这些石碑陈列在交通要道上，来来往往过路的人看见后都用这些作为谈论的材料，北方鲜卑人对此没有不愤怒的，他们纷纷向拓跋焘告状，认为崔浩这是在大肆张扬祖先的过错和污点。拓跋焘大怒，派有关部门调查处理崔浩和其他秘书郎吏的罪。

当年，辽东公翟黑子奉命出使并州，在并州接受一千匹绢布的贿赂，事发后，翟黑子向高允讨教说：“主上审问我时，我是应该把实情说出来呢，还是应该把它藏起来不承认呢？”

高允说：“你是朝廷重臣，犯了罪就应该讲实话，再自表忠诚，这样或许还会被皇上赦免，不能再次欺骗皇上。”

中书侍郎崔览、公孙质则说：“如果你讲实话，很难预测皇上会怎么处理你，不如隐瞒不说。”

翟黑子把崔览等人当成知己，埋怨高允说：“你为什么要引诱我去置身死地呢！”然后入宫去拜见拓跋焘，没有把实情讲出来，拓跋焘大怒，斩了翟黑子。后来，拓跋焘派高允教授太子拓跋晃经书。

等到崔浩被捕入狱，太子拓跋晃召高允到东宫，留他住了一晚上，第二天早晨，拓跋晃与高允一同进宫朝见，二人来到宫门时，拓跋晃对高允说：“我们进去拜见皇上，我自会引导你该做些什么。一旦皇上有什么话问你，你只管按照我的话去回答。”

高允问他：“出了什么事吗？”太子顿了顿，说：“你进去自然就知道了。”

进宫后，太子拜见拓跋焘，说：“高允做事小心谨慎，而且地位卑微，人微言轻，所有的一切都是由崔浩主管制定的，我请求您赦免他的死罪。”

拓跋焘问高允说：“《国书》都是崔浩所写的吗？”

高允回答说：“《太祖记》由前著作郎邓渊撰写，《先帝记》和《今记》是微臣和崔浩两人共同撰写的。但是崔浩事务繁多，他只不过是总揽了一下《国书》的大纲而已，并未亲自撰写多少，至于撰写工作，臣做得要比崔浩多得多。”

拓跋焘大怒说：“高允的罪行比崔浩还要严重，怎么能让他不死呢！”

太子拓跋晃很害怕，连连叩头说：“陛下盛怒之下威严凝重，高允这么一个小臣被您的威严吓得惊慌失措，失去理智而语无伦次了。我以前曾经问过他这件事，他说全是崔浩一人干的。”

拓跋焘又厉声责问高允说：“真的是像太子所说的那样吗？”

高允回答说：“微臣触犯天威，罪该灭族，决不敢用虚假的话欺骗您。太子是因为臣很久以来一直在他身边侍奉讲书而可怜微臣的遭遇，想要放臣一条生路。实际上，他确实没有问过臣，微臣也确实没有对他说这些话，臣不敢胡言乱语欺骗您。”

拓跋焘回过头去对太子说：“这就是正直啊！这在人情上很难做到，而高允却能做到，即使马上就要死了也不改变他说的话，这就是诚实，作为臣子，不欺骗皇上，这就是忠贞。朕宁愿漏掉一个有罪的人，也应该特别免除你的罪，作为榜样而褒奖你的品质。”于是，赦免了高允。

接着，拓跋焘又召见了崔浩前来，亲自审问他。崔浩承认自己接受过贿赂，其实他对自己所犯何罪并不明白，所以惶恐迷惑回答不上来，而高允当时却是件件事情陈述得明明白白，有条有理。

拓跋焘愤怒至极，命令高允书写诏书：诛崔浩和他的幕僚宗钦、段承根等人，以及他们的部属、僮仆，共有一百二十八人，全部都夷灭五族。

高允犹豫不敢下笔，拓跋焘多次派人催促，高允恳求再觐见皇上一次，然后再写诏书。拓跋焘命人将他带到自己跟前，高允说：“崔浩被捕入狱，如果还有其他别的原因，我不敢多说，如果仅仅是因为他冒犯了皇族，他的罪过还达不到被处死的程度。”

拓跋焘大怒，命令武士逮捕高允，太子拓跋晃又为他求情，拓跋焘的怒气才稍稍平息，恨恨地说：“没有这个人，就该会有几千人被处死。”

最后，拓跋焘下诏，诛斩清河崔氏老幼和崔浩属于同一宗族的人，不管血缘关系的疏密远近，与崔浩有姻亲关系的范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏全都被连坐诛灭全族，其他人就只诛斩罪犯一人，史称“国史之狱”。

北方的高门士族在“国史之狱”中几乎受到了灭顶之灾，后世史学家认为，崔浩推行汉化，大量提拔汉族的世家大族，触犯了鲜卑贵族的利益，他成为了鲜卑贵族与赵魏大族之间矛盾的牺牲品，“国史之狱”不过是个借口罢了。

崔浩被放在一个四周都是栏杆的囚车里，由士卒被押送到平城南郊，押送的士兵几十个人在崔浩的头上撒尿，崔浩悲惨地嗷嗷呼叫，在路上行走的人都听得清清楚楚，宗钦在临近斩首时感叹说：“高允近乎于圣人啊！”

几日后，太子拓跋晃责备高允说：“人也应该知道见机行事，我想替你开脱死罪，已经有了好的开端，可是你却始终不照我说的话去做，使皇上气愤到那种程度，现在每次回想起来都令人心有余悸。”

高允说：“史官，是要记载人主的善恶，作为对后人的鼓励或劝诫，因此，人主心生畏忌，对自己的行为举止都十分小心谨慎。崔浩辜负了圣上的大恩，用他自己的私欲盖过了廉洁，这是他的责任和错误。至于书写皇上的起居生活，谈论国家行政的得失，这是史官的重要任务，不能说有多大的罪过，我和崔浩事实上是一同从事这项工作，我接受陛下使我再生的大恩，如果违背自己的良心得以幸免，这不是我所愿意做的。”

太子大为感动，不断赞叹。高允退下后对人说：“我之所以不按照太子的引导去做，就是为了怕辜负翟黑子。”

自从崔浩被斩之后，国家军政大事的谋划都由北部尚书李孝伯决定。拓跋焘杀了崔浩之后就很后悔，偏巧，李孝伯患病很重，有人传说他已经去世了。拓跋焘哀悼他说：“李孝伯死得可惜！”不一会儿，他又说：“朕说错了，应该是崔司徒死得可惜，李孝伯的死令人哀痛。”