Conda的下载和安装
今天的学习主要是学习了linux系统中conda的下载和安装。
- conda是什么呢？conda其实就相当于是linux系统中的应用商店，和我们手机里面的app store是很相似的。我们在数据分析过程当中需要运用到的各种软件都可以通过conda来进行下载。
怎样下载conda
首先，我们在浏览器中输入miniconda 清华(miniconda是conda的浓缩版本，但是已经满足我们日常的使用了)。然后点击第一个，进入进去。这个时候找到下载miniconda的链接，然后进入进去。可以看到有很多个版本供我们选择，这个时候我们需要查看一下我们的linux系统是哪一个。输入命令uname -a就可以看到啦，然后选择latest。这个时候只用将下载链接复制过来就可以了。
这个时候在命令行输入wget+单击右键（单击右键在linux系统中是粘贴的意思，单击左键在linux系统中是复制的意思），这样就可以开始下载了。
按照他的提示，按下enter，输入yes等就可以安装好miniconda了。
安装好了之后，还不能够使用，我们还需要把miniconda激活才可以。这个时候在命令行输入source ~/.bashrc就可以激活conda啦。
添加镜像
为什么添加镜像，因为使用镜像下载的话，会比直接到国外网站上面下载更快一点。在命令行输入以下代码就可以添加镜像了。
使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
下面开始使用conda
查看当前服务器下安装的所有软件列表
- 用到的命令是 conda list
搜索conda软件
- 用到的命令是
conda search,举个栗子conda search fastqc就是搜索fastqc这个质控软件的
安装软件
- 用到的命令是
conda install，举个栗子conda install fastqc就是安装fastqc这个软件。如果在这个命令后面加-y，也就是
conda install fastqc -y,那么这个命令的意思就是在安装过程当中所有弹出窗口默认都是yes，这就替我们省掉了很多工作。
卸载软件
- 在conda里面卸载软件用到的命令是
conda remove，比如说conda remove fastqc -y。输入这个命令之后就把我们刚刚安装好的fastqc给卸载了。
