第一次木津川口之战
早在柴田胜家出兵能登国阻击上杉谦信的同一年，公元1576年的4月，织田信长就已经派出明智光秀、荒木村重等人将石山本愿寺团团围住。
石山本愿寺，与其说是一座寺庙，倒不如说它是一座巨型军事城堡。本愿寺御坊内拥有比肩大名势力的军工产业，能够提供足够的枪炮保证战争需求；地理位置上背靠濑户内海，依靠海路可以获取盟军源源不断的军事补给。更令人称奇的是御坊内河川四通八达，将御坊隔断成众多大大小小的区域，但每个区域之间却仅仅只有一条通道连接，也就是说战争的进攻方需要将这些区域依次挨个攻破，这与我们所熟知的内外城防御体系的城池结构是截然不同的。攻打这样复杂的城池就像是玩了一款限时闯关游戏，在兵粮与军队耗尽之前如果不能顺利完成通关，前面的可就算白打了。织田信长在这款游戏上已经用了足足六年时间，依然还没有通关。
虽说现在的织田信长已然今非昔比，但到底也还是心有余悸不敢强攻的。他让明智光秀等人向御坊内散播劝降言论，企图先从精神上瓦解本愿寺里僧兵们的斗志。不过本愿寺的和尚们是一群有“理想”有“信念”的“和尚”，并非乌合之众，更何况还有强大的毛利家族撑腰。
公元1576年5月中国地区毛利家族的当主毛利辉元宣布与织田信长断交，随即在同年7月，派出村上武吉等人统帅700余艘战船取道濑户内海，兵锋直指织田信长。织田信长方面派出了以九鬼嘉隆的志摩水军为主力的300余艘战船迎敌，自己则在陆地上指挥对本愿寺僧兵的作战。不仅仅在水军数量上处于绝对劣势，毛利水军丰富的战斗经验与协同作战能力也是临时拼凑的织田水军所不能及的，两军对阵，不多时，织田水军便显露出败相，毛利水军阵中突然出现众多的小船，列着雁形阵极速冲向对方，待到快靠近之时，小船里的弓手们将箭头点火，弯弓搭箭，一时间无数只火矢射向织田水军，众多的船只起火，还没等九鬼嘉隆缓过神来，第二波小船又出现在自己跟前，这次送来的是精心准备的“焙烙”(陶罐里塞满火药后，用火绳拴着)，织田信长的战船像放烟火一样被炸开了花。
信长眼看着败势已定，只得留下佐久间信盛料理后事，自己则灰溜溜的撤军了，织田信长与毛利辉元的初次交手以毛利辉元的大胜告终。
第二次木津川口之战
失败并不可怕，可怕的是你还相信这句话。
经此一役，织田信长深知要想攻克石山本愿寺，就得先战胜毛利辉元强大的水军，一次“战船升级”迫在眉睫，而这样的工程自然要交给自己最懂水军的将军来办，九鬼嘉隆也没有辜负信长的期望，一种宽13米，长22米，包裹着厚铁板的巨型“铁甲船”出现在了信长的水军队伍里，这种战船根据同时期的明朝军舰与欧洲船舰为基础进行设计，是日本早期装甲军舰的样板，而没过多久，它就派上了用场。
公元1578年，织田信长的部下荒木村重谋反，并与石山本愿寺以及毛利辉元结成联盟，同年十一月，村上武吉率领的毛利水军与九鬼嘉隆统帅的织田水军会战于大阪湾，数百只战船对阵六艘铁甲战船，这六艘铁甲战船任凭毛利水军怎么打都巍然不动，反倒是铁甲船里强大的枪炮把毛利水军轰得溃不成军，村上武吉为了保存实力，无可奈何，只得下令撤军。九鬼嘉隆也凭此被织田信长授予了35000石的领地，成为了名副其实的“海贼大名”。
此战虽然并未对毛利水军造成重大损失，不过六艘铁甲船已经彻底封锁住了石山本愿寺的海路补给，石山本愿寺也因此而不得不向织田信长臣服，法主显如真人离开寺庙后隐居不过问世事。此后的数年中，他的儿子教如真人依然带领着不愿投降的僧兵们同织田信长进行着顽抗，但因人心涣散，物资匮乏而屡战屡败，织田信长为绝后患将石山本愿寺付之一炬。
不过在300多年后的今天，在石山本愿寺的遗址上却造出了一座有着“水之都”之称的繁华大都市—日本大阪市，历史将一座城池从地图上抹掉，也许是赋予它更灿烂新生命的开始。
