群落丰富度（Community richness）的指数：指一个群落中物种数目的多少
Chao指数：是用Chao1算法估计样品中所含OTU 数目的指数，Chao1 在生态学中常用来估计物种总数，由Chao（Pitta DW等，2010）最早提出。
ACE指数：用来估计群落中OTU数目的指数，由Chao提出，是生态学中估计物种总数的常用数之一，与Chao1的算法不同（Pitta DW等,2010）。
例：
假如有甲、乙两群落，每个群落中各物种的个体数目都为100，甲群落中物种种类的数目为100， 乙群落中物种种类的数目为1。虽然甲、乙两群落生物的个体数目相同，但甲群落的物种种类多于乙群落，所以甲群落的物种丰富度大。
群落多样性（Community diversity）的指数：是物种丰富度和物种均匀度的综合指标
Shannon指数：用来估算样品中微生物多样性指数之一。它与Simpson多样性指数常用于反映alpha多样性指数。Shannon值越大，说明群落多样性越高。
Simpsin指数：用来估算样品中微生物多样性指数之一，由Edward Hugh Simpson提出，在生态学中常用来定量描述一个区域的生物多样性。Simpson指数值越大，说明群落多样性越低。
例：
有甲、乙、丙三个群落，各群落中个体数都为100。 甲群落物种数目为1；乙群落物种有A、B两种，每种各50个个体；丙群落物种数目也为2，记为C、D两种，C种有99个个体，D种有1个个体。显然，甲群落的物种丰富度小于乙、丙两群落。
群落甲的多样性为零，群落乙的多样性大于群落丙。在物种丰富度相同的情况下，不同物种的个体分布越均匀，物种多样性越高。
Observed spieces代表OTUs直观数量统计；
PD score是结合OTUtable和OTU tree一同计算的，考虑到了样本在进化树上的分布。一个OTU的来源越复杂，其PD score越高。来自进化树上不同的地方越多，其PD score越高。
