问题
使用集群服务器进行vcf样本名修改时,下载并使用bcftools进行这一操作,使用时报错
bcftools: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No such file or directory
解决
集群普通用户,ldconfig等命令权限不够,不过好像不影响问题的解决,下载对应版本gsl之后安装在lib库内应该也能用
gsl库的下载地址
wget --no-check-certificate https://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-2.5.tar.gz
gunzip gsl-2.5.tar.gz
tar -xf gsl-2.5.tar
cd gsl-2.5
# 在你要安装的那个lib目录下安装gsl-2.5
mkdir ~/anaconda3/envs/gwas/lib/gsl2.5
./configure --prefix=~/anaconda3/envs/gwas/lib/gsl2.5
make
# 这一步需要一定时间
make install
cd ~/anaconda3/envs/gwas/lib/gsl2.5/lib
ll -ha
前面没出问题的话应该有以下文件在安装目录内
drwxrwxr-x 3 11 Jan 25 10:09 .
drwxrwxr-x 6 4 Jan 25 10:01 ..
-rw-r--r-- 1 20M Jan 25 10:01 libgsl.a
-rw-r--r-- 1 1.7M Jan 25 10:01 libgslcblas.a
-rwxr-xr-x 1 992 Jan 25 10:01 libgslcblas.la
lrwxrwxrwx 1 20 Jan 25 10:01 libgslcblas.so -> libgslcblas.so.0.0.0
lrwxrwxrwx 1 20 Jan 25 10:01 libgslcblas.so.0 -> libgslcblas.so.0.0.0
-rwxr-xr-x 1 1.0M Jan 25 10:01 libgslcblas.so.0.0.0
-rwxr-xr-x 1 961 Jan 25 10:01 libgsl.la
lrwxrwxrwx 1 16 Jan 25 10:01 libgsl.so -> libgsl.so.23.1.0
lrwxrwxrwx 1 16 Jan 25 10:01 libgsl.so.23 -> libgsl.so.23.1.0
-rwxr-xr-x 1 12M Jan 25 10:01 libgsl.so.23.1.0
drwxrwxr-x 2 1 Jan 25 10:01 pkgconfig
不清楚为啥安装后不是libgsl.so.25,没搞懂命名规则,不过不影响,创建一个软链接即可
cd ../.. # 回到gsl2.5所在的那个lib目录
ln -s ./gsl2.5/lib/libgsl.so.23.1.0 ./libgsl.so.25
测试是否成功
bcftools --version
bcftools 1.19
Using htslib 1.19.1
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