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文献学习01：DNA重复区域和二代测序粗读了文章中的几张图片，整理笔记如下。 DNA重复 人类基因组包含大量DNA重复区域： 这些重复区域在染色体上分布情况如下： 重复区域的比对 虽...
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R读取json
rjson读取json文件的教程自行搜索。 以下为使用记录： 如果仅仅加载rjson，读取json文件报错： 同时加载jsonlite顺利读取j...
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conda迁移环境
conda-pack迁移免去安装软件的苦恼！具体教程可参考Conda 环境迁移 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanla...
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16S rRNA16s rRNA结构 大体结构如下： 不同物种高变区域起始和终止位置稍有不同。 16s rRNA序列提取 根据gff，基因类型只保留rRNA，剔...
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bcftools: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No ...
问题 artic（conda安装）对新冠三代扩增子数据进行分析，但是运行artic minion流程时，调用bcftools出错，内容如下： 资...
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Rmarkdown渲染pdf
根据链接[https://zhuanlan.zhihu.com/p/96993644]安装rticles包，选择CTeX Documents创建...
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引物比对
通过计算edist距离，如果小于3个碱基错配，则认为识别到引物。
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核酸热力学介绍（DNA）宏基因检测病原已有多篇专家共识陆续发表，管理规定相对成熟。除了宏基因技术，多重PCR扩增结合高通量测序因具有高性价比、分析速度快、灵敏度等优势在...
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decontam原理介绍前言 实验过程中，背景细菌的存在可能导致交叉污染，引起假阳性的发生，从而给mNGS结果解读带来困扰。mNGS专家共识中指出，实验室应该建立背景细...