明朝初年，由于明朝大军的北伐，元顺帝率领残余势力退出中原，明朝得以迅速统一天下。那么，明朝统一天下后，朱元璋又是如何对待蒙古人的呢？虽然元朝对汉人的统治极为残暴，但明太祖朱元璋对于蒙古人还是较为仁慈的，主要采取了劝谕归降、恩惠怀柔的招抚政策。
对于境内蒙古人：用尽手段加速汉化，使其迅速被同化
元朝被赶出中原后，虽然有不少蒙古人都追随着元顺帝北遁而去，但同时却也有大量蒙古人因各种原因留在了内地。对于这些留居内地的蒙古人，朱元璋的态度还是比较仁慈的，并未对其横加杀戮，而是用尽手段加速其汉化。
朱元璋在《奉天讨元北伐檄文》中便明确提到，“如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异”。意思是说，只要境内的蒙古人、色目人诚心归降，愿意归顺大明，那么大明朝廷也将视其为子民，不允许汉人擅自杀戮。
当然，在接收这些蒙古人和色目人的同时，为了保证境内的安定，朱元璋还是采取了一定手段，用以加速这些少数民族的汉化。根据《国榷》的记载，洪武元年（1368年）二月，朱元璋便下诏，“复衣冠如唐制，禁胡服、胡语、胡姓名”。
洪武三年（1370年），在大臣曾秉正的建议下，朱元璋又下诏不再强令蒙古人、色目人更改姓名。《明会典》对此有载，“蒙古色目人入仕后或多更姓名，岁多子孙相传，昧其本源，如已更易者，听其改正”。
《太祖实录》也有载，“四月甲子，禁蒙古色目人更易姓名。诏曰：……蒙古色目人等，皆吾赤子，果有材能，一体擢用。比闻入仕之后，或多更姓名，朕虑岁久，其子孙相传，昧其本源，诚非先王致谨氏族之道。中书省其告谕之，如已更易者听其改正”。
朱元璋之所以这么做，是由于当时已经有相当部分蒙古人、色目人进入了朝廷和军队，如果任由这些人更名易姓，那么久而久之便与汉人无法区分，于是朱元璋便通过禁止其更改姓名，以便予以识别，可以视作一种有效的防范措施。但除了禁止改名易姓之外，对于胡服和胡语则仍然禁止使用。
与此同时，朱元璋还颁布法令，严格限制蒙古人、色目人内部通婚。洪武六年（1373年）十一月重修《大明律》时，便将此条写入了《大明律》，其中提到，“凡蒙古色目人，听与中国人为婚姻，务要两相情愿，不许本类自相嫁娶，违者杖八十，男女入官为奴。”
意思是说，严禁蒙古人、色目人内部通婚，而是必须与汉人结亲，否则便要归入奴籍。只有在汉人“不愿与回回、钦察为婚姻者，听从本类自相嫁娶，不在禁限”的情况下，才允许其内部通婚，但需要注意的是，这里的例外并不包含蒙古人。
如上，朱元璋在建立大明之后，虽然没有对境内的蒙古人、色目人进行屠戮，但却通过一系列有效措施，加速了境内蒙古人、色目人的汉化，在这种政策下，人口本就是少数的蒙古人和色目人，在经历两三代之后，便已经与汉人别无二致了。
对于境外蒙古人：北部建立蒙古卫所，对其予以分化瓦解
元朝败退草原后，由于其仍然保留着相当的实力，对明朝北部边防构成了极大威胁，因此朱元璋在位期间曾先后十三次发动北伐。在明朝的持续进攻下，北元朝廷遭到毁灭性打击，蒙古各部迅速分崩离析，不仅不少蒙古人惨遭俘虏，更有不少部落南下投降。
为了对蒙古各部予以分化瓦解，朱元璋只得对这些蒙古人予以妥善安置。为此，明太祖朱元璋先后在漠南南部、甘肃北部和哈密等地设立了20多处蒙古卫所，给予其一定自治权，以安其心。
在这二十多处蒙古卫所中，卫所长官仍然由蒙古的封建领主所担任，其生活生产方式也依然如旧。通过采取这种方式，不仅吸引了更多的北元残部投降，而且还在大明的北部边境由这些蒙古卫所形成了一道屏障，较好的维护了北部边境的安定。
在这些卫所之中，最为出名的无疑便是朵颜三卫。洪武二十一年（1388年），北元脱古思帖木儿在“捕鱼儿海之战”中被击溃，导致大兴安岭以东的蒙古诸部孤立无援，于是兀良哈部的原元辽王、惠宁王、朵颜元帅府相继降明，朱元璋遂于其地设置泰宁、朵颜、福余三卫指，隶属于大宁都司，并册封儿子朱权为宁王，统领诸卫。不过，归降后的朵颜三卫时叛时附，与大明始终保持着若即若离的关系。
除了朵颜三卫之外，明朝在嘉峪关以西同样设立有七个羁縻卫所，被称为“关西七卫”或“西北七卫”、“蒙古七卫”，先后有安定卫、阿端卫、曲先卫、罕东卫、沙州卫、赤斤蒙古卫、哈密卫七卫，后沙州卫内迁，在其故地又设罕东左卫。相较于朵颜三卫，“关西七卫”与明朝的关系相对较为紧密，直到嘉靖以后被吐鲁番汗国所吞并。
可以说，为了招揽蒙古各部，朱元璋是下了血本的，不仅对蒙古宗室子孙、贵族、将领厚加礼待，就算是普通百姓也极为善待。朱元璋曾多次下令，要求北部官员将领善待归附蒙古各部。
洪武元年（1268年）七月，朱元璋便告诫北方守令，“新附之邦，生民凋瘵，不有以安养之，将复流离失望矣。而等宜体朕意，善抚循之，毋加扰害”。
洪武七年（1374年）三月，朱元璋又敕谕边将，“自今凡有来归者，尔等善抚绥之。有欲住者，择善地以居之，便其畜牧，有欲来京者，则善人以送之，毋使失所。”
在明朝招抚政策的号召和影响下，大批的故元将臣及家眷得以归附明朝，而这些归附的蒙古人，经过与汉族的长期交流交往后，逐渐融入了当地社会，对明朝的认同感甚至还要多于北元朝廷。
