Linux基本操作
- 复制：选中，鼠标左键点一下
- 粘贴：鼠标右键点一下
- 自动补全：tab键
- miniconda的下载：百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文网站）=》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来，查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制下载链接（linux）
压缩软件
- 检查有无bzip2
bzip2 - 安装bzip2
yum install -y bzip2
使用minicoda下载软件
下载安装minicoda
- 进入指定目录
cd 目录名 - 下载文件
#复制文件下载地址
wget 目标软件的地址
- 安装文件
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#用bash运行这个安装用的脚本，脚本就是你刚才下载的东西
#一路enter和yes
- 激活conda
source ~/.bashrc - 验证conda是否安装成功
conda
添加国内镜像(目的是加快软件下载速度)
把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
运行conda
- 查看所有软件列表
conda list - 搜索软件【这里以数据质控软件fastqc为例】
conda search fastqc - 安装软件
conda install fastqc -y
#-y表明是自动安装，可以去掉
#默认安装最新版本
- 安装指定版本软件
conda install fastqc=0.11.7 -y - 卸载软件
conda remove fastqc -y
conda环境配置
- 查看所有环境
conda info --envs
#前面带*的就是默认的
- 建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 激活conda环境
source activate 环境名字 - 卸载环境及软件
- 卸载某个软件
conda remove -n 环境名字 软件名字 -y - 全部卸载，也就是卸载这个环境
conda remove -n 环境名字 --all
