Linux如何安装软件呢?作为生信最常用的系统--Linux,软件的安装也是极其重要的,今天就跟着花花老师学习一下Linux的软件安装过程。
了解Linux的软件应用商店--conda
1.conda是大Boss,最初为管理python包而建立,它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
2.anaconda是总管,职务比conda低,但干的活不少,也是个有内涵的家伙
3.miniconda是区域经理,说白了就是干事的,而且比较专一,主要负责生信领域
日常我们使用miniconda就足够了
如何下载
1.设置镜像
百度搜索“miniconda 清华”
通过清华镜像源下载miniconda
下[图片上传中...(Snipaste_2021-03-31_17-47-25.png-b74b3b-1617184142848-0)]
[图片上传中...(Snipaste_2021-03-31_17-48-18.png-440f71-1617184142848-1)]
载64位最新版本,复制下载链接
登录Linux
安装miniconda
安装过程
成功安装
激活miniconda
source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda,出现满屏的信息说明成功了
如果报错,说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令。
设置镜像
所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。
使用conda
1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
2. 搜索conda软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
3. 安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes,你可以试试不加-y有什么区别】
默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本 。
如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y。