古人以为心是管思想的，所以我国一切关于思想的字，都带一个“心”字。但心其实是管感情的，如我们痛苦的时候说“伤心”，对做坏事的人指责他的“良心”，告诫人们时说“不忘初心”。古埃及人也以为管思想和感情的是心，只把思维归属于头脑。
从生理结构上说，心脏只管身体的血液循环，管肺部的呼吸，联系不上思想。而大脑比较起来就精致复杂多了，关键的区别在于脑细胞。胎儿在母体四周后，每分钟开始产生五十万脑细胞；三到六个月期间，脑细胞开始长出触须，并互相连成网络。多余的脑细胞自行进行优胜劣汰。各种感官，比如视觉、触觉、知觉、记忆等，在大脑上划有各自的区域。大脑深处有一个核桃体，能感知强烈的感情。在婴儿刚出生时就起作用了，并在不知不觉中影响婴孩以后的情感和行为。而“自我”的意识，是由从前额延伸至两耳的大脑皮层产生的，要在两岁以后才开始发展。
大脑是感觉的中枢，从肉体器官那里接收到的种种感觉，在脑子里形成了喜、怒、哀、乐、爱、恶、惧的情感，和或强或弱的智力。
但头脑中的智力，并不是人性中的灵性良心。杨绛先生风趣地描述：“智力和感情同在一个躯体之内，是一帮的，总是回护自己的感情，替感情想出种种歪理”。一个有修养的人，可以做到喜怒不形于色，但不行于色，不代表喜怒不影响他的判断选择。这个时候，智力容易被感情驱使，做出失去理智的事情来。然后等情绪平复了，又来懊悔。
如何不受感情的影响，让智力不被情绪左右，回到灵性良心当中，这就得不断加强修养，学习领悟，让智力上升到智慧的层面。
每个人都是一个附有灵魂的肉体。肉体的一面称“我”（本我），有着无穷的欲念，讲究吃喝玩乐。人的灵性良心却在时刻管束这个肉体，不要纵欲放肆，不该这样不该那样。
弗洛伊德说人的心理结构分为三个部分：本我、自我、超我。“本我”是生理的、本能的、无意识的，缺乏逻辑性，只是追求满足，无视社会价值。“自我”是理性的，通达事理的，可控制的。“超我”有道德良心、负罪感，具有自我观察，为自我规划理想的功能，负有监督“本我”的使命。“自我”可以经过努力达到“超我”（即“大我”），成为接受灵性良心管制的“我”。
孔子说：“已矣乎，吾未见能见其过而内自讼者也”，算了吧，我还没有见到过自己有错，而在内心自责的人呢。“内自讼”，就是灵与肉的斗争，即通常称的“天人交战”，也就是“小我”与“大我”的斗争。
肉体的欲望，与人性里的灵性良心不一致，使人常常处于矛盾纠结之中，如果常常不能解决矛盾，不能统一，会导致精神分裂，甚至形成分裂型人格。
凭借灵性良心来克制自己的过度欲望甚至邪念，这是一种修养，是一种功力。修养不足就容易受物欲的引诱，名利心重就顾不到灵性良心了。甚至于自我膨胀，邪恶占了上风，吞没了灵性良心，给他人甚至人类带来灾难。
世人常常在回顾自己的过去时，看得到做错的事，走错的路。但在后来，仍然还会犯各种错误，甚至同样的错误，这还是自己的私心、无知、虚荣、傲慢等人性的弱点在作祟。人生在世，“人在当时处境中，像漩涡中的一片落叶或枯草，身不由己”，但只要努力保持良知，努力完善“自我”，也算是灵性良心的胜利。
