sceasy
sceasy 是一个帮助不同单细胞数据格式间相互转换的包。转换为 AnnData 格式后，可以直接在 cellxgene 中使用，这是一个用于单细胞转录组数据集的交互式浏览器。
| 如果需要将 h5ad 转换为 rds 格式，也可以参考 https://github.com/cellgeni/schard |
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安装
sceasy 可以作为 bioconda 包安装：
conda install -c bioconda r-sceasy
也可以作为 R 包安装：
devtools::install_github("cellgeni/sceasy")
这将需要安装 bioconductor 包 BiocManager 和 LoomExperiment：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("LoomExperiment", "SingleCellExperiment"))
使用 sceasy 时，请确保已安装 anndata 包：
conda install anndata -c bioconda
如果计划在 loom 和 anndata 之间进行转换，请确保已安装 loompy 包：
conda install loompy -c bioconda
你还需要安装 reticulate 包：
install.packages('reticulate')
使用
在转换数据之前，加载以下库：
library(sceasy)
library(reticulate)
use_condaenv('EnvironmentName')
loompy <- reticulate::import('loompy')
Seurat 转 AnnData
sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="anndata",
outFile='filename.h5ad')
AnnData 转 Seurat
sceasy::convertFormat(h5ad_file, from="anndata", to="seurat",
outFile='filename.rds')
Seurat 转 SingleCellExperiment
sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="sce",
outFile='filename.rds')
SingleCellExperiment 转 AnnData
sceasy::convertFormat(sce_object, from="sce", to="anndata",
outFile='filename.h5ad')
SingleCellExperiment 转 Loom
sceasy::convertFormat(sce_object, from="sce", to="loom",
outFile='filename.loom')
Loom 转 AnnData
sceasy::convertFormat('filename.loom', from="loom", to="anndata",
outFile='filename.h5ad')
Loom 转 SingleCellExperiment
sceasy::convertFormat('filename.loom', from="loom", to="sce",
outFile='filename.rds')
CELLxGENE Annotate
CELLxGENE Annotate（发音为 "cell-by-gene"）是一个用于单细胞数据集（例如来自人类细胞图谱的数据集）的交互式数据浏览器。利用现代Web开发技术，实现了对至少100万个细胞的快速可视化。
入门指南
快速开始
要安装 CELLxGENE Annotate，需要 Python 3.6+
安装包：
pip install cellxgene
使用示例 anndata 文件启动 Annotate：
cellxgene launch https://cellxgene-example-data.czi.technology/pbmc3k.h5ad
