本文以主角“青豆”和“天吾”的双视角进行叙述，我们先来讲青豆的故事：青豆是一家健身俱乐部的教练，生活中是个平凡的不能在平凡的职场女性，可谁能想到就是这样一个几乎没有存在感的女生竟然还有另一个身份，“渣男终结者”，青豆有一个非常要好的闺蜜，这位闺蜜可以说什么都好，就算挑男人的眼光太差了，嫁了一位表面看起来风光无限的好老公可背地里却遭受着无止尽的家暴和虐待，最终闺蜜郁郁寡欢选择了自杀，这件事对青豆影响巨大，每当想起那个渣男还存活于世青豆就无法控制自己，于是青豆选择了自己做判官，第一次杀人。
后来青豆在健身房认识了一位老妇人，老妇人的女儿和青豆的闺蜜有着几乎一模一样的经历，老妇人利用手段让女婿身败名裂苟活于世，算是给女儿报了仇，于此同时她还建立了一个“渣男回收站”为受到暴力侵害的女性提供着庇护和法律帮助，同时也送一些恶劣的男人归西，也许是同样的经历让青豆与老妇人彼此敞开了心扉，青豆成为了受雇于老妇人的杀手，在一次执行任务的过程中，青豆突然惊觉自己所处的时空似乎与自己所处的1984年不完全吻合，比如她接到任务要杀死“先驱”领袖，但对两年前警察与邪教团体“先驱”枪战事件一无所知，再比如天上竟然挂着两个月亮，青豆为了区别1984年便为这个时空取名1Q84。
花开两朵，各表一枝，现在我们来讲另一边的男主人公天吾：男主也有两个身份，一个是精通数学的辅导老师另一个则是尚未成名的小说作家，故事的开始便是杂志编辑小松先生与天吾的交谈，小松希望由天吾执笔润色一部文笔不够流畅但题材惊人的小说《空气蛹》于是天吾认识了《空气蛹》的作者深绘里，一个17岁的少女，深绘里的父亲（深田保）是一个宗教团体“先驱”的领袖，这个宗教团体在深山老林里过着与世隔绝的生活，七年前深绘里从中逃离了出来寄居在父亲朋友的家并把自己在社团里的经历写成了这部《空气蛹》，这本小说的核心之处就在于它提出了一种说法：名为“小小人”的生物会通过某些渠道来到这个世界，他们编制空气蛹并控制整个世界，精彩的故事情节让小说一经发表便冲上了热销排行版，但这时深绘里却失踪了，一日清晨天吾收到了深绘里寄来的磁带盘里面是她的录影，她告诉天吾自己目前很安全但由于她把“小小人”的事情写成了书公之于众导致“小小人”很生气后果很严重世界将会发生改变，只有找到“小小人”没有的东西才能破解困境。
一直以来天吾都认为“小小人”的说法只是异想天开，但在这一刻天吾却不确定自己究竟置身于哪个世界，是现实中的1984还是由“小小人”编织的世界。《空气蛹》中提到的另一个世界的标志是天空中有两个月亮。恰巧青豆所处的1Q84这个世界也是有两个月亮，于是青豆和天吾的命运在此刻重新交织彼此牵绊。
故事在转回青豆这里，青豆通过警察朋友查到了一部分“先驱”的资料，越深入了解越感觉要尽快了结领袖的性命以免更多的孩子蒙难。老妇人想方设法为青豆和深田保创造独处的机会并精心布置好了任务完成后青豆的生活包括帮助她改头换面给她新的身份等。
到了行动的这一天，青豆按照约定好的宾馆为深田保做按摩，在交谈中青豆发现这个男人竟然无所不知，他知道青豆是被派来杀自己的而且他也甘愿赴死，对他来说死亡才是一种解脱，青豆对此感到十分的差异。原来这个幕后团体的老大并不是深田保，他只是“小小人”的傀儡罢了，“小小人”的力量无比强大，他们通过深绘里传递信息，深田保负责接收并执行企图控制整个世界，而青豆无意间闯入了1Q84年成为了与小小人抗衡的存在。在深田保看来事态的发展已经超乎自己的控制，若要断绝与“小小人”的联系最好的方法就是自己死去，随后深田保还以天吾的性命作为要挟，逼迫青豆按原计划实施任务。
完成任务后的青豆换了个新的身份，来到了老妇人为她安排好的新家，但好巧不巧的是天吾也住在这里。在这段时间里天吾的日子也不是那么好过，他遇到了一个样貌丑陋面目可憎的男人叫牛河，牛河打着资助天吾的名义暗地里企图给他一笔封口费让他忘记与《空气蛹》有关的一切，面对威胁天吾断然拒绝。在经历了一系列诡异而又闹心的事件后，天吾开始回忆起自己的童年还有那时候和自己关系要好的女同学（青豆）。天吾想要去寻找青豆的下落，一脸惆怅的天吾走在一个小广场上，他偶然间抬起头发现天上竟然挂着两个月亮，原来天吾也来到了1Q84年，正在这时，躲避在楼上的青豆也看到了自己朝思暮想的天吾君。
另一边，领袖死了，“先驱”内部的天河又开始调查青豆的下落，一无所获后有开始监视天吾的住所，而这一系列的举动不但没什么效果反而惹怒了老妇人身边一直以来帮助他们的保镖，于是在一个月黑风高夜保镖先生了结了牛河的性命并向天吾带来了青豆的传话：“如果你还记得我，就和我一起离开把”。
第二天夜里分别了十多年的两个人在此相遇了，他们乘坐着计程车找到了1Q84年的出口，一起逃离了那个诡异的年代。
