公司法关于公司治理，遵循股东自治原则，即股东有约定从约定，无约定从法定。对于公司股东是否能够不按出资金额，自由约定持股比例，公司法并无明确规定。《最高人民法院公报》2012年第1期(总第183期)刊登的《深圳市启迪信息技术有限公司与郑州国华投资有限公司、开封市豫信企业管理咨询有限公司、珠海科美教育投资有限公司股权确认纠纷案》【（2011）民提字第6号）】，明确了股东可以自由约定持股比例。为方便阅读理解，现对该判决简析如下：
一、案情简介
1.2006.9.18，刘继军与张军成立科美公司，用于创办民营大学。其中，刘继军以教育资本(包括教育理论与理念，教育资源整合与引入、教育经营与管理团队、教育项目的策划与实施)入股，持股70％；张军以7000万元现金入股，持股30％。
2.后刘继军控制的启迪公司、豫信公司与张军控制的国华公司，分别成为科美公司股东。
3..2006.10.26，启迪公司、豫信公司、国华公司协议约定：三者分别以现金出资，各占公司注册资本的55%、15%、30%；但是，注册资本实际均由国华公司投入。后国华公司依约将相应金额的资金先转账至启迪公司和豫信公司账户，再由二者账户转入科美公司。
4.三方约定：国华公司7000万资金没有收回完毕之前，公司利润按照启迪公司16%、豫信公司4%、国华公司80%分配；国华公司7000万资金收回完毕后，三方股东按照出资比例分配，即启迪公司55%、豫信公司15%、国华公司30%。
5.公司运行过程中，三方产生矛盾，国华公司遂提起诉讼，称其履行了全部出资义务，但启迪公司与豫信公司未出资，无权占有股权，出资比例与股权比例不一致的约定无效。故请求判令：科美公司的全部股权归国华公司所有。
6.一、二审法院均认定出资比例与股权比例不一致的约定条款无效，判决国华公司占股为80%，启迪公司与豫信公司占股20%。
7.启迪公司与豫信公司不服，申请再审。最高人民法院提审后，判决驳回郑州国华投资有限公司的诉讼请求（认定出资比例与股权比例不一致的约定条款有效）。
二、法院判决
最高人民法院认为：
股东认缴的注册资本是构成公司资本的基础，但公司的有效经营有时还需要其他条件或资源，因此，在注册资本符合法定要求的情况下，我国法律并未禁止股东内部对各自的实际出资数额和占有股权比例做出约定，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现，并非规避法律的行为，应属于公司股东意思自治的范畴。
《10．26协议》约定科美投资公司1000万元的注册资本全部由国华公司负责投入，而该协议和科美投资公司的章程均约定股权按照启迪公司55％、国华公司35％、豫信公司15％的比例持有。《10．26协议》第十四条约定，国华公司7000万元资金收回完毕之前，公司利润按照启迪公司16％，国华公司80％，豫信公司4％分配，国华公司7000万元资金收回完毕之后，公司利润按照启迪公司55％，国华公司30％，豫信公司15％分配。
根据上述内容，启迪公司、国华公司、豫信公司约定对科美投资公司的全部注册资本由国华公司投入，而各股东分别占有科美投资公司约定份额的股权，对公司盈利分配也做出特别约定。这是各方对各自掌握的经营资源、投入成本及预期收入进行综合判断的结果，是各方当事人的真实意思表示，并未损害他人的利益，不违反法律和行政法规的规定，属有效约定，当事人应按照约定履行。
三、案件分析
1.在注册资本符合法定要求的情况下，我国法律并未禁止股东内部对各自的实际出资数额和占有股权比例作出自由约定，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现，并非规避法律的行为，应属于公司股东意思自治的范畴，合法有效。
2.股东内部对利润分配比例及方式做出约定有效。这往往是股东各方对各自掌握的经营资源、投入成本及预期收入进行综合判断的结果，是各方当事人的真实意思表示，并未损害他人的利益，不违反法律和行政法规的规定，属有效约定。
3.实践中，很多地方工商行政管理部门对这个特殊的约定可能会不予登记。因此，目前比较可行的办法是：各股东可以通过股东协议的形式，对持股比例、利润分配进行约定，并注明公司章程与股东协议不一致的，以股东协议约定为准。
