19年前，警方在一栋废弃的建筑物内发现了一具男尸，可是警方对案件始终没有头绪，因为警方不可能想到凶手就是受害者还在上小学的儿子亮司…
亮司的父亲是一家当铺的老板，经常出差，时间久了亮司发现母亲和店员有染。这种不健康的家庭环境对亮司的内心产生了巨大影响，使得亮司内心经常处于阴郁，孤寂的状态。
直到有一天亮司遇到了同样看起来气质非常忧郁的雪穗。他用自己的剪纸作品赢得了雪穗的好感，两个人马上成为了好朋友。这本来可以是一个美好的爱情故事，可是现实往往充满了不堪。
原来，因为家境贫寒，雪穗的母亲便毫无人性的让雪穗做了雏妓，这也是为什么雪穗性格忧郁的原因。
一天，在废弃建筑的通风管道里玩耍的亮司发现自己的父亲正在毫无人性的侵犯着雪穗。只有11岁的亮司无比惊恐愤怒，于是拿着一把长剪刀刺向父亲的后颈。雪穗设计让自己的母亲成为了嫌疑人并且雪穗的母亲很快在家中蹊跷的死于煤气中毒…
从此，雪穗和亮司似乎再也没有联系过，就这样相安无事的过去了19年。可是突然，出现了一个名叫菊池的人向亮司威胁道他知道事情的真相并拿出了一卷胶卷，上面记录的就是当年亮司父亲带雪穗进入废弃大楼的场景。此时雪穗那边也收到了匿名信。
两人不得不再次联手。在两人的谋划之下，菊池很快成了一起案件的嫌疑人，吃到苦头的菊池不得不向警方坦白了一切。此时，负责当年案件的警察更加感到蹊跷…
此后，亮司又为雪穗暗中铲除了一个又一个威胁，使得雪穗逐渐向上流社会跻身，而自己却一直游走在社会底层最黑暗的角落，两人身边不断的有人接二连三的死掉。
故事的最后，警方终于发现了案件的真相，走投无路的亮司选择了自杀，而目睹亮司死去的雪穗却如幽灵般转身离开，没有回头。
故事讲完了，有读者可能会问雪穗究竟爱不爱亮司，为什么亮司为她做了那么多可是最后雪穗连头都没回一下。其实在书中反复出现过一句话，就很好的反应了亮司和雪穗的关系。
"我的天空里没有太阳，总是黑夜，但并不暗，因为有东西代替了太阳，虽然没有太阳那么明亮，但对我来说已经足够，凭借着这份光，我便能把黑夜当成白天。"
不论是对于雪穗还是亮司这句话都适用，两个从小被痛苦和罪恶包裹着长大的幼小灵魂，天然的走在了一起，同时保护自己和对方，战战兢兢地在“白夜”下行走…
