孔子是商汤王的后裔。因纣王无道，失德乱政，被新兴的周王朝所灭。后来周成王封纣王的庶兄微子于宋，于是孔子先世从王室转变为诸侯。
微子之后四传至宋湣公，宋湣公生弗父何，弗父何是长子。宋人有传弟不传子的传统，所以宋湣公把君位传给了他的弟弟，即宋炀公，弗父何的弟弟鲋祀不满意，刺杀了宋炀公。宋炀公被杀后，应由弗父何继位，但弗父何继位，就要追究弟弟鲋祀的弑君之罪，于是，弗父何把君位让给了弟弟，自己仍为卿。孔子先世遂由诸侯之家变为公卿之家。
按照礼制的规定，五代亲尽，别为公族。从弗父何算起第五代的嫡长子叫孔父嘉。孔父是其字，嘉是其名。因此其后代以其先人之字为氏，称为孔氏。孔父嘉为孔子之六代祖。
孔父嘉被宋国权臣华父督所杀，孔父嘉有个曾孙叫孔防叔，畏惧华氏的权势，举家搬迁到了鲁国，为东防大夫，故曰防叔。孔氏迁鲁后，在宋国的公卿之位就失去了。孔子先世遂又由贵族公卿之家转为士族之家。
所谓士族，是贵族后裔中的疏远者，或是破落的贵族子弟，以及平民中的俊秀，凭借自己的才能为贵族当差服务，领禄米为生。此等士族，与有封地世袭的贵族就不能相比了。
孔子的父亲叫叔梁纥，是孔防叔之孙，曾担任鲁国郰邑大夫。叔梁纥正妻施氏，生了九个女儿，没有生儿子。又娶一妾，生了个儿子叫孟皮，却是个跛足之人。后来与颜氏女名征在结合，生下了孔子。
叔梁纥生孔子时年纪已经很大了，在孔子三岁的时候就去世了。失去了顶梁柱，孔家败落了，孔子的母亲不得不带着年幼的孔子回到了娘家。这样，孔子又由一个士族子弟变成了一介平民。
孔子17岁时，母亲就过世了。
为了谋生，孔子从事过许多底层人士的职业，他自己曾说过：“吾少也贱，故能多鄙事。”孟子曾谈到孔子年轻的时候从事过委吏与乘田的小职位，委吏就是仓库的管理员，乘田就是管理牧场的小官。但他干得都不久，因为他找到了新的职业。
《史记 孔子世家》记载：
“孔子为儿嬉戏，常陈俎豆，设礼容。”孔子小的时候就和小朋友在一起摆放礼器、以模仿祭礼作为游戏，因此有学者推测孔子母亲的家族大概以此为职业，就是专门提供祭礼、丧礼服务的傧相。孔子从小耳熏目染，受此影响，故有此游戏。
孔子曾自己说，吾十五有志于学，三十而立。所学内容是贵族阶层所习的五经六艺，三十岁左右学有所成，即以此为贵族阶层服务，并且开始招收学生。孔子刚开始收的学生大概类似于今天的学徒，除了学习五经六艺，还要跟随孔子去从事为贵族进行祭祀、丧葬等礼仪服务。
孔子的事业越做越大，引起了贵族阶层的注意。周朝建国之初，即施行礼治，但到了春秋中后期，当时的贵族阶级既多奢僭违礼，同时又不喜欢学习，不知礼，以至于一些贵族在正式的场合闹笑话。鲁国的权贵之一孟僖子曾经陪伴鲁国国君出访郑国、楚国，因礼节不熟大出洋相，回来之后深感后悔，临死之前，交待他的两个儿子，一定要向孔子学礼。所以，孟僖子的两个儿子孟懿子与南宫敬叔都拜师向孔子学礼。
孔子想去当时周朝的首都洛阳深造，进一步学习礼乐知识。南宫敬叔向鲁昭公推荐了孔子，鲁昭公送给孔子一辆车、一匹马和一个随从，孔子因此到了洛阳。洛阳是周王朝礼乐典籍集中之地，孔子到了洛阳，观周朝的文物、典章、制度，大有收获，并且还拜访了老子，向他请教了有关礼乐的问题。
孔子回到鲁国之后，发生了一件大事。鲁国执政季平子得罪了鲁昭公，鲁昭公发兵攻打季平子。谁知季平子联合孟氏、叔孙氏，三家共攻昭公。昭公失败，逃到了齐国。齐国把昭公安置在乾侯这个地方，共计七年，直到死在这个地方。昭公出走，孔子也离开了鲁国，来到了齐国。这个时候，孔子大概三十六岁。
这个时候的孔子已经相当有名了，他见到了齐景公，齐景公刚开始对他还不错，他问孔子如何处理政事，孔子回答：“君君、臣臣、父父、子子。”齐景公说：“善哉！信如君不君、臣不臣、父不父、子不子，虽有粟，吾得而食诸？”
孔子的意思，“国君要像国君，臣子要像臣子，父亲要像父亲，儿子要像儿子。”齐景公是个骄奢淫逸的君主，孔子是在劝告齐景公要像个君主的样子，不要不顾百姓生活，自己享乐太过分。但齐景公却如此理解：“如果真的国君不像国君，臣子不像臣子，父亲不像父亲，儿子不像儿子，纵然有粮食，我怎么能吃得到呢!”孔子是劝齐景公爱护百姓，齐景公却理解成百姓要供养他。难怪齐景公过世的时候，没有哪个百姓说的好话。
齐景公有意授孔子以国政，但受到了齐相晏子的反对。晏子说：“这些儒生能言善辩，难以用法度来约束他们；他们高傲任性，自以为是，不能任用为臣子；他们重视丧事，过分追求哀荣，为了葬礼隆重，不惜清家荡产，不能让这种做法形成风气；他们四处游说，谋求官职，不能用他们来治理国家。”
齐景公只好对孔子说，要让我像鲁国对待季氏一样重用你，我做不到，我只能用你做一般的官。”又说：“吾老矣，不能用也。”
孔子在齐国没什么机会，只好怏怏回国。回到鲁国之后，孔子继续授徒讲学。
春秋时代，由于铁农具开始使用，牛耕得到普遍应用，水利灌溉业得到快速的发展，使得农业发展很快，人口增长也快，社会发展也快。贵族子弟习于安逸，不会管事，因此，贵族阶层需要从平民阶层吸收大量的中低层干部，孔子的弟子因习于五经六艺，受到了贵族的青睐，因此，孔子的弟子们受到了贵族们的聘用和礼遇。孔子所办的私学，俨然成了贵族的干部培训学校。
这时期鲁国的政治形势，非常的混乱，三桓大夫架空了鲁国国君，不把鲁国国君放在眼里，上行下效，家臣们也不把大夫放在眼里，多有违礼僭越的行为。鲁定公五年，当时孔子五十岁，季平子死，季桓子继位，掌握了鲁国国政，但季桓子又被家臣阳虎控制，出现了家臣控制国家政权的情况。阳虎有野心，四处延揽人才壮大势力，他意请孔子出仕，以扩大势力和影响。
阳虎可能不大愿意亲自上孔子家拜访，于是耍了个小计策。他趁孔子不在家，派人送了一只小卤猪给孔子。按当时的礼节，孔子应该上门拜谢。孔子也聪明，也趁阳虎不在家的时候上门拜谢。谁知道上半路上遇上了。阳虎对孔子说：“来，我有话要跟你说。”孔子不得不上前。阳虎说：“把自己的本领藏起来而听任国家混乱，这可以叫做仁吗？”孔子回答说：“不可以。”阳虎说：“喜欢参与政事而又屡次错过机会，这可以说是明智吗？”孔子回答：“不明智。”阳虎说：“时间一天天过去了，年岁是不等人的。”孔子说：“好吧，我要去做官了。”
孔子虽然嘴上答应，但权衡利弊，终究没有为阳虎做事。后来阳虎发动叛乱失败，逃离了鲁国。三家大夫有所醒悟，大概也是为了奖励孔子没有倒向阳虎，孔子遂得出仕，这个时候，孔子已经五十一岁了。鲁定公用孔子为中都宰，一年大治，又由中都宰转为司空，又由司空为大司寇。
孔子熟读五经，对周朝的礼乐制度十分向往，他的政治理想就是恢复礼乐制度，解决春秋以来礼崩乐坏，社会动乱不堪的局面。他曾自诉他的政治抱负，“如有用我者，吾其为东周乎。”所以，他一旦获得了政治上的高位，就看手实施他的政治主张。他为鲁国开出的药方是“堕三都”。鲁国的实权长期把持在三桓大夫手里，三家在封地建立了高大的城墙，以此作为抗衡鲁国国君的本钱。拆毁了三家大夫的城墙，就能有效的加强鲁国公室的权力，统一行政力量。季孙氏也想借此打击反叛的家臣势力，所以，堕三都的主张得到了季桓子的支持。
于是孔子发布命令：“家不藏甲，邑无百雉之城。”大夫家里不能私藏铠甲，大夫封邑的城墙长度不能超过三百丈。孔子辅佐鲁定公帅领军队拆除了叔孙氏的郈城。又准备拆除费城，盘踞在此的公山不狃、叔孙辄率军反叛，进攻鲁国都城。在孔子的指挥下鲁国军队打败了反叛军队，乘胜拆除了费城，至此，孔子达到了政治事业的顶峰。接着，准备拆除孟叔氏的成城，孟孙氏的部下公敛处父对孟孙说：“成被拆除，那么，齐国军队就很容易打过来了。而且，成，是叔孟氏的保障；没有了成，就没有了叔孟氏。你装做不知道，我不会拆毁城池。”鲁定公派兵攻打，竟然没有攻克。
季氏、叔孙氏在解除了家臣的背叛之后，也清醒了过来，对堕三都的政策有了警觉，不再支持孔子的政治主张，实际上已经宣告孔子在政治上失败了。这时候，齐国又使离间计，送了八十名美女给鲁定公，定公与季桓子整日沉迷其中，三天不上朝，孔子于是离开了鲁国。
孔子先来到了卫国。卫国的政局也相当混乱。卫灵公宠信南子，南子与太子蒯聩不睦，太子惧祸，出奔晋国去了。
孔子在卫国没有机会，又去了曹国、宋国、郑国、陈国，在陈国呆了三年。陈国处在楚国和晋国之间，两国争强，陈国经常被当做战场。孔子于是回到了卫国。
卫灵公虽然给了孔子很高的礼遇，但在政治上并不重用他，孔子又想去晋国见赵简子。但到了黄河边，听说赵简子杀了两个晋国大夫，不免有同类相惜之感，于是，望水兴叹，说：“美哉水，洋洋乎，丘之不济此，命也夫。”
孔子不得己又返回了卫国。有一次和卫灵公见面，卫灵公问他如何排兵布阵，孔子说问礼还可以，如何打仗真的不知道。卫灵公不高兴了，抬头看飞过的大雁，色不在孔子。孔子就离开了卫国，又去了陈国。第二年，又从陈国到了蔡国。
在蔡国呆了三年，吴国讨伐陈国，楚昭王亲自率领军队去救陈国，驻扎在城父。楚昭王听说孔子在陈蔡之间，派人迎请孔子。
孔子也非常期待与楚昭王的相见，但楚昭王在军营中忽然死掉了，孔子听到了这个消息，只好自楚返卫。这时候孔子已经六十三岁了。
卫灵公在此之前已经死了，贵族们拥立太子蒯聩的儿子卫辄继位，蒯聩在晋国的支持下欲回国继位，卫辄派兵阻止，两方军队就在边境卫国、晋国的边境僵持下来。
孔子的弟子多在卫国做官，卫辄也想任用孔子，子路问孔子：“如果卫君重用你，你打算先采取什么措施？”孔子说：”必也正名乎？”子路说，“老师，你太迂腐了吧。有什么可正的叫呢？”孔子回答“名不正，则方不顺，言不顺，则事不成，事不成，则礼乐不兴，礼乐不兴，则民无所措手足。”
孔子在外十四年，虽然付出了很多，非常的辛苦，甚至身犯险境，比如匡地遇险、伐树于宋、围于陈蔡等，但终究没有获得被重用的机会。
孔子七十岁那一年，被季康子请回鲁国，此时孔子已经七十岁了。孔子回到鲁国后，叙书传，删诗，订礼正乐，作《易十翼》与《春秋》。在整理文化的同时，孔子并没有忘他的政治理想。
陈成子杀了齐简公，孔子得知后马上沐浴上朝，向鲁哀公报告说：“陈恒弑其君主，请出兵讨伐。”哀公说：“去报告三位大夫吧!”三位大夫即指执掌鲁国实权的三桓大夫，孔子到三位大夫那里去报告，三家大夫还想干掉鲁国国君主，怎么愿意去讨伐叛逆，所以三位大夫表示不可以出兵。
孔子一辈子没有放弃恢复礼乐制度的理想，即使到了行将就木的时候也是如此。
鲁哀公十四年，孔子卒，享年七十三岁，葬于曲阜城北泗水河畔。他的弟子为其服丧三年，乃洒泪而别。子贡又单独为孔子服丧三年。一些弟子和鲁国人在孔子的陵墓旁建房而居，为他守墓，逐渐形成了一个聚居地，叫孔里。
