莫折大提发动关陇起义后病逝，第四子莫折念生继续统军，他派遣属下都督杨伯年攻打仇鸠、河池两个据点，北魏东益州刺史魏子健派伊祥等人击败了杨伯年，斩首一千多人。
东益州本来是氐王杨绍先的封国，将领们因为城中的民众一向勇悍不驯，南秦州和秦州的造反者又都是杨绍先的同族人，于是请求没收城里人手中的兵器。
魏子健说：“城中民众屡次经历战争之事，安抚好他们便可为我所用，逼的太急就会成为我们的心腹之患。”于是他把民众都召集起来，安抚晓谕他们，然后逐渐把他们父子兄弟分别派到外地各郡去戍守，这样内外相顾，就没有出现反叛者。
员外散骑侍郎李苗向朝廷上书说：“凡是粮少兵精，以速战速决为有利；粮多兵众，就可以进行持久战。现在陇地贼寇虽然猖狂，但是他们没有多少粮食储备，目前虽然占据了两座城池，由于他们没有什么德行，所以他们的优势只在于急攻，一旦行动迟缓就会人心瓦解、勇气消沉。朝廷的军队高壁深垒，本来有万全之策，但是天下长久安泰，人民已经很久不知道行军打仗了。大家追逐利益时唯恐落后，逃避灾难时不能互相照顾，将帅没有法令，士兵不演习操练，人人不思长远之计，个个都有轻敌之心。所以，现在应该敕令主将坚壁而守，不要出战，另外命令副将带领精兵几千人从麦积崖出去偷袭他们的背后，那么叛贼自然就瓦解了。”
朝廷任命李苗为统军，让他同别将淳于诞分别从梁州、益州出发去讨伐叛贼。但他们还没有到达目的地，莫折念生便派他的弟弟莫折天生率兵前来陇地，元志与莫折天生在陇口交战，大败，他丢下部众跑到东边的岐州自守。
莫折天生进攻岐州，攻陷了该城，抓获了都督元志以及刺史裴芬之，把他们送给莫折念生，莫折念生杀了他们。
莫折念生又派卜胡等人入侵泾州，在平凉东边打败了光禄大夫薛峦（薛安都的孙子）。他派出窦双攻打盘头郡，被魏子健的部属窦念祖所击败。
朝廷任命京兆王元继为太师、大将军，令他统率西路驻军讨伐莫折念生。
魏子健宣谕招降南秦州的各氐族部落，氐人逐渐归顺投降，于是便恢复了六郡十二戍，斩了韩祖香。朝廷任命魏子健兼尚书，担任行台，梁、巴、二益、二秦各州都接受他的指挥调遣。
莫折念生前去攻打凉州，凉州百姓赵天安再次抓住了州刺史响应莫折念生。
这时，东、西部的敕勒人都反叛了北魏，投附于破六韩拔陵，孝明帝这才开始想到了李崇和元深曾经说过的话，下诏说：“各州镇在册的军人中只要不是因犯罪流放服役的，全部免为平民。”同时宣布改镇为州，以怀朔镇为朔州，又改名朔州为云州，派黄门侍郎郦道元为大使，让他去安抚六镇。因当时的六镇已经全部反叛，结果郦道元没有成行。
秀荣人乞伏莫于聚众攻打郡城，杀了太守，南秀荣的万于乞真杀了太仆卿陆延，秀荣的酋长，新一代的军事天才尔朱荣，讨伐平定了这场叛乱。
尔朱荣是尔朱羽健的玄孙，北魏建国初年，尔朱羽健率领部落一千七百多人，跟随北魏皇帝拓跋珪四处征讨，为了赏赐他的功勋，拓跋珪将北秀容一带三百里地封给他，尔朱氏从此开始发迹。
尔朱荣的祖父尔朱代勤，一次出外打猎时，部落中一个成员射老虎误中了他的大腿，他把箭拔出来，没有问罪于该人，因此部落成员莫不对他心悦诚服。尔朱代勤一直做到肆州刺史，授爵梁郡公，活了九十多岁才去世，他的儿子尔朱新兴继承了爵位。
尔朱新兴做酋长时，畜牧业尤其兴旺，牛、羊、骆驼和马弥漫于山谷之中，数量多得无法计算。北魏每到出兵之时，尔朱新兴便献上马匹以及军资粮食等来帮助军队，孝文帝经常表彰他。尔朱新兴老了后，请求把爵位传给尔朱荣，北魏朝廷准许了。
尔朱荣能洞察先机、明察而有决断，管理部属纪律严明。当时四方兵起，烽火遍地 ，尔朱荣心中暗藏大志，把自己的牲畜钱财散发给众人，招募纠合骁勇之徒，结交招纳豪杰，于是侯景、司马子如、贾显度、段荣、窦泰等人都去依附了他。
北魏凉州人于菩提等人囚禁了刺史宋颖，占据凉州反叛。宋颖秘密地向吐谷浑王付连筹求救，付连筹亲自率兵援救凉州，于菩提弃城逃跑，被付连筹追上并斩杀，宋颖又重新担任刺史。
北魏西道行台元修义得了风疾，不能指挥军队，朝廷任命齐王萧宝夤为西道行台大都督，统率众将去攻打莫折念生。
北魏朔方的胡人反叛，围攻夏州刺史源子雍（源怀之子），城中的粮食吃光了，就煮食马皮，众人都一心一意守城，没有反叛的人。
源子雍想亲自出城求粮，留下他的儿子源延伯驻守统万城，将领们都说：“如今四方反叛，粮食耗尽，外援断绝，不如你们父子一同离去。”
源子雍流着眼泪说：“我家世代承受国恩，所以应该拼死守住这座城。但是没有粮食无法守城，所以想到东州去，为各位筹措食物，如果有幸能得到，就必定可以保住城池。”于是率领羸弱的士兵去东夏州运粮，源延伯与众将哭着为他送行。
源子雍刚出发了几日，就遭到了胡人头目曹阿各拔的阻击，被曹阿各拔生擒。源子雍暗中派人给统万城送信，命令城中军民努力固守。
全城军民得知源子雍被擒，非常忧惧，源延伯晓谕他们说：“我父亲的生死吉凶还不可得知，我急得滚油浇心，但是我奉家父之命守城，责任重大，所以不敢因私损公而弃城不顾。请各位理解我的心情。”
众人都被源延伯的节义所感动，无不奋发，立志守城。而源子雍虽然被擒，但是胡人一直把他当州长官来看待，以百姓之礼事奉他，他对胡人陈述了祸福利弊，劝曹阿各拔投降。恰恰曹阿各拔去世，他的弟弟曹桑生竟率领部众跟随源子雍投降了。
源子雍终于见到了行台北海王元颢，讲述了各路反贼可以被歼灭的情况，元颢给了源子雍兵力，令他作为先锋。
当时，东夏州全境俱反，到处贼寇聚集，源子雍转战而前，九十天之内，经历了几十场战役，终于平定了东夏州，然后征收税粟运往统万城，夏州、东夏州因此得到保全。
广阳王元深向朝廷上书说：“如今六镇俱反，高车二部的情况也与六镇相同，以这样的疲劳之兵去攻打他们，肯定没有取胜的道理。所以，不如挑选精兵把守恒州的各个要冲之地，再做以后的打算。”随后与李崇领兵回到了平城。
李崇提议说：“云中是乃是白道的要冲，叛贼的咽喉要害，如果此地不保，那么并州和肆州就危险了。所以，应当留下一个人镇守。”众人经过商议，留下费穆为朔州刺史，镇守云中。
李崇推荐国子博士祖莹为长史，元深弹劾祖莹谎报斩敌人数，侵吞军款，祖莹因此获罪而被除名，李崇也受牵连被免去官职，削夺爵位而召回朝廷，于是，元深得以一人独揽军政大权。
北魏任命黄门侍郎杨昱持符节监督北海王元颢的军队，去援救豳（bin）州，豳州之围因此被解除。迁到关中居住的张映龙、姜神达攻打雍州，雍州刺史元修义请求救援，一天一夜之间，连派九人去送信，都督李叔仁一直迟疑不去救援。
杨昱劝说道：“长安是关中的根本所系，如果长安失守，大军自然土崩瓦解，那么我们留在这里还有什么用呢！”终于说服了李叔仁，率军进攻张映龙和姜神达，斩了姜神达，余党们都跑散了。
北魏汾州的各部胡人反叛，朝廷韦睿章武王元融为大都督，率兵去讨伐。
就在北魏六镇纷纷起义，朝廷忙于四处平乱之时，南方的梁国也发动了北上的军队。
