16年开始做,17年投稿,18年发表,在当时单细胞技术比较新
可视化研究思路很重要!
一、WES结果
第一个角度:突变有无
化疗获益的患者外显子突变从右到无
化疗耐药的患者外显子突变没有完全消失
第二个角度:突变丰度
MAF,突变丰度,测到的突变的reads/所有测的reads
化疗获益患者突变丰度下降
化疗耐药患者发现了新突变
亮点
常规WES平均测序深度为200×(平均每个碱基测200次),深度比较低,临床上NGS检测组织1000×,检测血液ctDNA10000×,高深度测序有利于发现低丰度的突变
这些新突变,是因为测序深度太低化疗前没测到的突变,在化疗后药物杀死了其他突变的细胞,而有这些突变的细胞获得优势生长(从少到多,化疗的选择性,化疗药对有这种突变的细胞没有作用,可以考虑联用其他化疗药);还是化疗诱导产生了新突变?(从无到有,化疗的副作用)
5个化疗耐药出现新突变的患者,治疗前的样本用10000×WES
单细胞DNA
单细胞转录组
总结
化疗治疗过程中三种化疗药物诱导产生的肿瘤耐药进化模型:
D图1:适应性耐药:是最常见的,一种早期罕见的一种细胞,在化疗后,其他细胞被杀死了,这种细胞优势生长
D图2:获得性耐药:化疗后,原有的细胞都杀死了,到诱导了一些新细胞出现
D图3:适应性+获得性
纵向(时间)对比:治疗前中后
横向对比:获益和不获益患者,不同的组学