星夜晴花

最近有粉丝说纯生信没有做功能实验，就补一个PCR验证，没有什么太大的意义，就不想补。如果按照这种说法的话，就算你补了功能实验，没有研究作用机制，一样有人会说这些没有意义吧；就...

星夜晴花

@Amber_Sun 不是的，我是做烟草生理生化方面的，不涉及群落生态学，也是R语言小白。因为我手里有代谢组学的数据，之前对样本进行分类时，参考别人的文章，使用vegdist（，method = bray）来做层次聚类，发现样本聚类情况比较好。在我进一步做WGCNA分析时，发现也需要对样本聚类，就想了解一下能不能使用vegdist()函数替换掉dist()，找了半天没找到相关的信息😂。
非常感谢您的解答！！！

WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗

WGCNA：加权基因共表达网络分析，简而言之，就是将基因划分为若干个模块，探究与表型数据与基因模块之间的相关关系，并找到模块中的核心基因。 适用于复杂的数据模式，推荐5组(或...

Wei_Sun

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星夜晴花

您好！请问WGCNA对样本进行聚类时，hclust(dist())中的样本距离必须要用dist()函数进行计算吗？能不能用vegan包中的vegdist()函数进行计算呢？
因为我用vegdist(x，method=bray)函数时，我的样本聚类情况比较好，但用dist()时的聚类情况不好。所以想请教一下您！

WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗

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Wei_Sun

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