基因组学研究生

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TCGA数据分析系列（一：数据下载清洗）
废话不多说，直接上干货。一、确定肿瘤代码 TCGA涵盖30多种癌症，9000多个病人，数据库里的癌症名称是缩写的形式，TCGA癌症中英文对照可...

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HI-C 数据分析pipeline（三：AB compartment 区室计算）
使用HicPro处理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mi...

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HI-C数据分析 pipeline（二：数据格式转换）
由于HIC数据目前很难用一个软件就能将全套流程全部分析完，从数据预处理到后续的TAD计算，loop计算等需要用到众多软件，但是在数据格式方面，各...

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HI-C数据分析 pipeline（一：上游数据预处理）
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition.本文总结了Hi-...

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3D基因组学在白血病中的研究进展——分子分型、诊断、预后
2022年10月26日，岳峰/郑弘在《nature》杂志上发表题为 Subtype-specific 3D genome alteration...

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ATAC-seq数据可视化——超简单教程
大家好这里是有时候季更，有时候月更的基因组学研究生。上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。 ATAC数据一键处理基因组...

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一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到treated bam
数据从下机fq.gz文件到可用的 .bam文件，每次都需要运行去接头，比对，去复，去MT，shift，排序等... 尽管俺把他们都写在了一个...

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两条命令就跑完RNA差异分析
数据分析实在太难了，差异分析到底怎么跑啊，怎么才不出错呀！coldata到底怎么构建呀……！别慌，傻瓜包来了！它就是simpleRNA，居然只要...

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文章被分享的感觉真的很不错
最近在写一些干货类的文章，关注基因组学和生信分析相关的。前几天刚申请的公众号，目前写了2篇了。昨天发布的一篇《如何快速查找高质量文献及其相关文...

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