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发简信
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我们已经进入一个崭新的智能机器时代，在未来几年内，人工智能和机器人给世界带来的影响将远远超过个人计算机和互联网在过去的30年间已经对世界造成的改变。是谦逊地生存，还是傲慢地死去？智能机器将成为我们的奴隶，伙伴还是主人？
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利用泛基因组挖掘目标细菌的靶标基因-Roary,gbksplit和TBtools准备 1.基因组序列下载与注释，使用prokka进行注释，获得gff文件。参考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注释 - 简书 (jianshu.com)[...
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MetaPhlAn4 Meta taxonGithub: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4[https://github.com/biob...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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备忘！<br>备忘！<br>备忘！
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Eggnog-mapper（2.1.7）使用记录文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-...
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再冒昧的问一下，这样画出的树用的方法和步长是多少🐶🐶
使用Snippy构建细菌基因组SNP、core SNP和系统进化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亚墨尔本大学的 Torsten Seemann[https://twitter....
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你好像请问一下可以用数据库中的注释文件作为参考基因组，然后将二代得到的不完全组装的scaffold文件和数据库中下载的结合三代测序完全组装的基因文件作为输入文件一块call snp吗？然后再建树，
使用Snippy构建细菌基因组SNP、core SNP和系统进化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亚墨尔本大学的 Torsten Seemann[https://twitter....
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@大坏蛋HYB 谢谢分享
核心基因提取：prokka、roary和TBtools的联合运用
首先，下载好基因组的完成图（自己的也行，只要确保测序质量够好），先用prokka注释完获得*.gff文件（批量可以参考我之前的文章用autoprokka执行），将gff文件放...
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请问一下这样提取出来的基因序列是全是cds序列吗？小白不太懂🐶
核心基因提取：prokka、roary和TBtools的联合运用
首先，下载好基因组的完成图（自己的也行，只要确保测序质量够好），先用prokka注释完获得*.gff文件（批量可以参考我之前的文章用autoprokka执行），将gff文件放...
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@大坏蛋HYB懂了， 谢谢！
autoprokka:使用prokka批量注释
autoprokka.py这个Python脚本可以方便地批量地使用prokka去进行注释，自动按照输入文件名去命名输出文件，并且每个样本单独一个文件夹存放注释后结果，.gff...
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那如果批量prokka注释时需要增加一个complaint参数，也是在第82行添加命令吗？
autoprokka:使用prokka批量注释
autoprokka.py这个Python脚本可以方便地批量地使用prokka去进行注释，自动按照输入文件名去命名输出文件，并且每个样本单独一个文件夹存放注释后结果，.gff...
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@shenghuanjing 谢谢回复！
使用Snippy构建细菌基因组SNP、core SNP和系统进化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亚墨尔本大学的 Torsten Seemann[https://twitter....
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您好，有点好奇通过core.full.aln文件输入gubbins并最终得到的树文件是全基因组SNP进化树还是核心SNP进化树？我看官方文件里说core.full.aln是全基因组SNP比对文件，core.aln是fasta格式的核心SNP比对文件，
使用Snippy构建细菌基因组SNP、core SNP和系统进化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亚墨尔本大学的 Torsten Seemann[https://twitter....
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男，某西北高校博士在读，摸鱼专业户。
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请问一下，为什么添加了环境变量，也更改了主文件ksnp3,为什么输入命令还是报错为未找到命令？谢谢
kSNP3寻找SNPs并构建进化树
1. kSNP3 安装 cd ~/toolswgethttps://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_pac...
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CRISPR/Spacer/Cas有关预测方法：集锦规律间隔成簇短回文重复序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是细菌，古菌...
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受教了👍👍
CRISPR/Spacer/Cas有关预测方法：集锦
规律间隔成簇短回文重复序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是细菌，古菌...
