作者，Evil Genius 本周开始，我们要开始上空间转录组的系列课程了。 空转可以在单细胞、多细胞或亚细胞分辨率上进行转录组分析，同时保留复杂组织中细胞的几何定位信息。 ...
IP属地：英格兰
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空间转录组数据解析方法系统总结 -
课前准备----空间转录组R版本的harmony整合（封装版）
作者，Evil Genius 关于空间转录组的整合分析已经是非常常见了，昨天分享的是python版本，随着数据量不断地增大，R版本的计算效率明显下降，但是作为一种更加具有接受...
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鸡（Gallus_gallus）转录组实战
1 软件安装 https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035[https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035]li...
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如何在t-SNE或UMAP图上展示每个细胞线粒体的UMI比率/Features/nCount数1.载入所需要的包和数据集（GSE174430） 2.每个细胞的线粒体UMI比率 3.每个细胞的Feature数 4.每个细胞的UMI总数
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西北农林科技大学食品研究生
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跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20相似关键词 单细胞数据集相关性分析 空间组与单细胞数据集相关性分析 空间组数据集相关性分析 适用背景 近年来，单细胞转录组测序异常火爆，而与其类似的空间转录组测序很有可能成为...
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Seurat查看不同亚群的高表达基因排行（AverageExpression）2022-06-01
适用背景 虽然单细胞绝大多数时候都关注差异表达基因（DEG），但在分析中途会发现有些奇奇怪怪的基因会在所有细胞中都高表达，所以这篇文章才写了下面这个函数ave_top，用于选...
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一只末流985生物
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计算生物学、统计学、机器学习<br>
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空间通过细胞空间排布分析银屑病的严重程度作者，Evil Genius 今天我们复习，文章在Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity ...
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2023年大事年表
最近大家都在总结2023年都经历了什么，我也跟个风，看看大家有没有什么想说的。 2023年1月25号，想带结婚对象回家过年，被拒绝。 2023年2月19日，30而立。 202...
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10X空间转录组数据中研究并可视化体细胞突变作者，Evil Genius 关于单细胞数据call snp的分析已经分享了很多了，文章也发了nature，如下： 关于空间转录组和SNP的一些答疑[https://www....
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空间转录组的邻域差异图绘制(高精度平台HD)作者，Evil Genius 昨晚响应号召，一直值班到凌晨4点，各方面的消息来看，昨晚没有跳桥的。 但是官方的态度真让人寒心。 今天太原下雨，我们来画一画图吧，做空间分析的童...
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时空转录组图谱揭示了人类大脑发育的区域特征（Stereo-seq）作者，Evil Genius 相对于单细胞，国内的空间技术发展还是比较落后的，国外早就有了CODEX等高精度空间平台，目前国内最好的空间平台，无疑还是华大的Stereo-se...
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多尺度动力学模型表征空间细胞稳态|Nat. Methods作者，Evil Genius 今天参考的文章在Spatial transition tensor of single cells[https://www.nature.com...
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空间转录组数据库汇总作者，Evil Genius 分享一个数据库，CROST, CROST应用标准化处理流程整合了182个高质量的空间转录组数据集，涵盖8个不同物种、35种组织类型和56种疾病的...
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空间组学反卷积分析的挑战与展望作者，Evil Genius 破译细胞类型异质性对于系统地理解组织稳态及其在疾病中的失调至关重要。计算反卷积是从各种组学数据中估计细胞型丰度的有效方法。 参考文献 任何复杂组...
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
