在做monocle的时候，我们最纠结的地方莫过于确定细胞的起点了。如果是比较明确的分析知道起点，或者有参考文献，结合自己的生物学背景能够推断还好，可是如果自己一篇空白，该怎么...
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CytoTRACE：推断拟时细胞起点辅助 -
想请问下合并不同的数据集，发现其中有一个数据集的线粒体基因是MT.，其它数据集是MT-，这样怎么修改？感谢回复
如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
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解决啦，感谢感谢，果然是没有按照包读取矩阵的格式保存文件
R语言ESTIMATE包报错
在运行ESTIMATE包的时候，需要先把表达矩阵输出成txt，然后运行filterCommonGenes函数，转换成gct文件，在转换这一步总是报错，错误提示是： 排除了变量...
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请问基因坐标文件要如何获得？
InferCNV推断肿瘤细胞CNV及计算细胞CNV score
InferCNV是broad出品的一款对单细胞转录组测序数据推断CNV的工具包。这里我们对其自带的数据运行该工具包看一下效果。 首先需要准备3个输入文件， 我们来看一下其自带...
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文件下载好之后运行python gtf_to_position_file.py -h，报错 File "inferCNV/gtf_to_position_file.py", line 70
<title>infercnv/gtf_to_position_file.py at master · broadinstitute/infercnv · GitHub</title>
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SyntaxError: invalid character '·' (U+00B7)
是需要我重新修改这个脚本吗InferCNV 的 Gene ordering file 输入文件制作
我们都知道，利用R包infercnv对scRNA-seq数据进行CNV推断时，首个步骤是运行CreateInfercnvObject()函数构建infercnv对象，此处必须...
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我把多个样本的运行代码放进sh文件中，会提示创建的Sam文件permission denied，但是单个样本运行时可以的
sam转bam文件报错
在做BWA比对到参考基因组后，得到sam文件，在进行sam转bam时候遇到一个报错： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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非常感谢解答！！！我遇到了同样的问题，第一个样本走流程是直接分步跑的，成功之后后续样本就用了nohup，果然是bam多了一行。
sam转bam文件报错
在做BWA比对到参考基因组后，得到sam文件，在进行sam转bam时候遇到一个报错： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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运行muti.sh的时候总是报错 error: Invalid value for '--id <ID>': must contain only letters, digits, underscores, and dashes.
单细胞测序上游分析-从原始数据到cellranger定量
单细胞系列教程目录索引,持续更新...[https://www.jianshu.com/p/98fc6c80c216] 为避免造成环境污染，建议使用conda创建隔离环境进行...
