1 介绍 基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。 基于全基因组重测序技术，人们期望快速进行资源普查筛选，寻找到...
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基因组重测序SNP_calling -
全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...
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群体遗传学与重测序分析分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是...
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这或许是我写的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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Beast系统发育关系和分化时间的估算(上)以下内容参考了同研究组师弟整理的笔记、和网络资源：Beast v1.8简易手册-修订版 · 语雀 (yuque.com)[https://www.yuque.com/wush...
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冗余分析（RDA）——R包vegan从概念上讲，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是响应变量矩阵与解释变量矩阵之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析，也是多响应变量（multi-...
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基于blast进行GO功能注释
目前GO注释主要分为两种方法，其一，序列相似性即blast，其二，结构域相似性比对（InterProsScan），该方法在前面也提及过，本文就blast进行简要概述 所需文件...
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使用EGGNOG-Mapper对非模式物种快速进行GO或KEGG注释对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提...
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基因功能注释-eggnog mapper目前最好用、最完整的功能注释软件是 eggnog-mapper。新版本包括基因组和功能数据库的全面更新，以及效率增强和几个新功能。 从原始重叠群进行从头基因预测 成对直系同源...
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R语言做单倍型网络（haplotype network）的一个小例子这个例子来源于一篇plos的论文 论文题目是 A workflow with R: Phylogenetic analyses and visualizations usin...
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动物线粒体基因组注释软件MITOS2安装与使用
MITOS2可用于注释后生动物以及真菌等线粒体基因组注释，主要注释线粒体18个核心基因（atp6 atp8 atp9 cob cox1 cox2 cox3 dpo lagli...
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跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2做堆积柱形图展示群体基因组学的结果论文 Genomic insights into local adaptation and future climate-induced vulnerability of a...
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跟着春晚学配色：R语言ggplot2作图好看的春晚配色大年三十晚上全程看完了春晚，虽然节目很烂，还是全程坚持看完了，《国色》那个节目还是很惊艳的，如果去掉唱歌的环节，可以给打十分。今天的推文我们把其中的配色摘下来，可以试着用在我...
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7. Blast2Go2019.12.4 https://www.blast2go.com 不知道为啥我的注册码激活不了，试了很久，都不行，哎。出现Please use the OmicsBox ...
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一个轻量级绘制热图的R包-HeatmapR
目前R中绘制热图的方式有很多，常用的如pheatmap、ComplexHeatmap包等，这里再给大家介绍一个轻量级的R包-HeatmapR包，即无需过多的前期数据处理，可同...
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重测序分析（15）GWAS分析实操（1）gwas_emmax介绍如何使用SNP数据进行GWAS分析，软件选择为emmax和tassel。 软件选择 emmaxplinkqqmanCMplot 数据准备 vcf文件：all_snp.vc...
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pak包：一条指令解决包的安装问题，支持CRAN，Bioconductor和Github，还支持自动更新R语言有很多强大的包，而且各种包之间还相互依赖，尤其是CRAN和Bioconductor还经常相互依赖，但是安装指令却不一样，再比如Github上的包，有时候更新的话还要重新...
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潜在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...
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bayenv2.0 检测环境相关变异位点bayenv是一种贝叶斯方法，通过检测等位基因频率和生态变量之间的相关性或地理区域之间的极端等位基因频率差异来识别适应当地环境的位点。该方法可以从一组基因组变异中估计种群之间...