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2021-03-15 DepMap数据库偶然发现了这个神奇的网站（https://depmap.org/portal/），对于实验狗的我而言，想想以前走的各种弯路，顿感相见恨晚啊！废话少叙，直接来看看这个DepM...
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PSI-BLAST 输出MSA与fasta
PSI-BLAST(Position-Specific Iterative Basic Local Alignment Search Tool)是blastp的一种，用于发现...
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GEO下载失败的替代措施
今天尝试下载GSE41271这个数据集，但是getGEO之后一直没有反应，因此找了个别的办法，尝试了一下。 这样就把表达矩阵下载下来了，但是注释信息还得想想办法。如果还是从g...
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样本相关性分析，样本聚类分析
基因课FTP地址：ftp://http://gsx.genek.tv/2020-3-10%E7%9B%B4%E6%92%AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%AE%...
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R包VennDiagram的韦恩图绘制及交集元素的提取韦恩（Venn）图是常见统计图之一，用于展示各样本（或分组）之间共有（或特有）元素的数量（或比例）。 例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到...
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生信＋实验：最全单基因研究套路总结
随着测序技术的发展，每年测序数据量以PB级增长。随着海量测序数据的增长，越来越多的研究人员开始挖掘公共数据库中的测序数据的意义。已有很多研究表明，某个基因可能参与了某种肿瘤的...
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TCGA数据整合后进行DESeq2差异表达分析和基于R的多种可视化测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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R语言学习--取整运算、有效小数、有效数字
取整运算：通俗点讲就是将一个小数（浮点数）转化成整数。比如，我们可以将3.42转化为3或者4。 有效小数：将一个小数近似为小数位特定的小数。比如，将3.1415926转化为两...
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试图厘清热图相关的一些细节森严森语： 生活中很多时候我都习惯于不知所以而为之，其结果通常坏。原因在于经常的盲目自信和偶尔不愿承认自己的无知。 上篇推文介绍了利用Origin绘制热图的方法，推文一经发出...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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TCGA差异分析|2.DESeq2DESeq2真狠，TCGA-PRAD数据差异分析用了半个小时，而且还是多线程。这速度也没啥提升呀 声明：本文仅供学习交流用，禁止用于商业用途，如有侵权，请联系删除。参考链接：...
