JCVI，包含了太多的功能，但是我感觉好像又没有一个特别好的说明文档（小声bb，感谢唐老师的开发的好用工具） blast比对 未过滤的blast比对结果，所使用参数是：-ou...
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「JCVI」如何筛选得到最优blast比对结果？ -
群体遗传学统计指标——种群核苷酸多样性理论 种群核苷酸多样性，顾名思义指的就是核苷酸多样性，值越大说明核苷酸多样性越高。通常用于衡量群体内的核苷酸多样性，也可以用来推演进化关系。计算公式为： 计算群体的π值，可以...
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2021-01-02使用vcftools根据vcf文件计算种群核苷酸多样性
找到了一份种群基因组学数据分析的教程，原文用的数据是2015年发表在science上的一篇论文Genomic islands of speciation separate c...
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四种获取fasta序列长度的方法在处理fasta序列的时候，我们经常需要获取每一条fasta序列的长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度的方法。 一、awk 输出为 二、bioawk 得到的...
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2023-05-23 wgd软件的安装。分析
参考使用wgd进行全基因组复制分析 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/123875815]大神写过的我不赘述了。记录...
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WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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在Tableau中制作UpSet PlotsUpSet plots（或称为UpSet charts）是一种用于可视化集合之间的交集和元素分布的图表类型。ChatGPT将翻其译成中文为 "交集图"、"交叉图" 或者 "集...
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DNA甲基化数据分析全流程
2021-01-01 更新 简单记录一下平时的分析过程 和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、...
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DNA甲基化数据分析(二)DSS是一个R包，对基于计数的测序数据进行差异分析。 它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DM...
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DNA甲基化测序数据处理（一）：数据比对前言 因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。 DNA甲基化及CpG岛定...
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MeRIP-Seq之exomePeak2使用教程peak 差异分析（2）
MeRIP-Seq之exomePeak2使用教程peak 差异分析： library("exomePeak2")GENE_ANNO_GTF ="hg38.ncbiRefSeq...
