发简信
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deseq2筛选结果-20190804
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GSEA
参考文章：GSEA的分析汇总 - 简书；https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/785...
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WGCNA
WGCNA（加权基因共表达网络分析） - 简书 WGCNA分析，简单全面的最新教程 - 简书 http://pages.stat.wisc.ed...
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生成htseq-count的input文件
参考文章：RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释 - 简书；RNA-seq分析htseq-count的使用 - 望着小月亮 ...
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使用 R 语言 DESeq2 对 RNA-seq 数据的下游分析
参考文章：使用 R 语言 DESeq2 对 RNA-seq 数据的下游分析 — 小小羊 最后作heatmap图时报错： 解决方法： 报错时，红框...
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安装GSEA
参考文章Window安装基因集富集分析软件GSEA | Public Library of Bioinformatics 上面的文章很详细，但是...
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将stringtie的输出结果转换为Deseq2的input参考实现Stingtie与DEseq2的无缝连接 - 简书 StringTie 10samples-List.txt： 生成以下文件： 16...
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rnaseq-R
library(ballgown) library(RSkittleBrewer) library(genefilter) library(dp...
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第七步-ballgown的相关参数
转自转录组差异表达分析工具Ballgown | Biochen生物 Ballgown的输入文件 StringTie使用-B参数直接生成Ballg...