这些文字大多是一时冲动，顺着思路往下写，写到思路断了，也就成了残篇，也罢。
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不加班丨Excel单元格快速填充
今天起，不加班。 大家好，我是行星。 上一期我们介绍了Excel单元格数据分列，用来对表格内容进行分列提取，可以说是非常简单的了。今天来介绍另一个更为简单的单元格内容提取技巧...
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【现学现卖】序列比对之bit-score VS E-value
BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一个由NCBI开发的基础局部比对搜索工具。 将查询序列与数据库中的序列进行比对，结果中显示有各种值。...
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重新认识TBtools，减少你的生信分析烦恼（20190422）写在写在前面的前面 或许，没有人知道TBtools到底是什么？能干啥。但是看完这个推文，或许你就知道了其中的一部分。 写在前面 TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不...
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基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鉴定方法 1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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#GTF/GFF格式# gffread入门使用
首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html两者的关系如下 GTF (gene ...
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NCBI上基因组文件格式及解释
最近在对于一些关于基因组的数据进行处理，发现如果在NCBI上下载一个物种例如E. coil的基因组序列之后，有很多并不常见的文件类型，例如.asn.faa.ffn.fna *...
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【脚本搬运工】convert gbff to gff/fasta
写在前面从NCBI下载的注释文件通常是gbff格式的，而我们平时做上游分析用到的大多数为gff或gtf文件，那么这两种格式之间怎么进行转换呢。一番搜索后得到如下perl脚本。...
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Linux中source命令的使用方式source命令[https://www.linuxcool.com/]是一个内置的shell[https://www.linuxcool.com/]命令[https://w...
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零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...写在前面 早前已经推过《新手eggNOG-Mapper详细教程》，但仍然有很多人遇到使用问题。换句话，可能那个教程不能彻底解决大伙遇到的问题。于是我决定写一个完美的教程，彻底...
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Pathway通路与GSEA基因集有何区别？刘小泽写于19.3.19通常做富集分析时，我们会遇到两种方法Pathway和GSEA，它们到底有什么区别？ 前言 我们通过差异分析会得到一些差异基因，那么如何知道这些基因是做...
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插件 | 超快！全基因组 Dot Plot写在前面 比较基因组分析中，常常会使用基因点阵图来查看大体的基因组共线性情况。基于我个人的认知，点阵图可能有几个用处： 确定共线性区块有无和情况 观测WGD，Segmenta...
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如何用WGDI进行共线性分析(上)多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中, 是物种进化的重要动力。如果一个物种在演化过程中发生过多倍化，那么在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的...
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基因组组装----k-mer
1.什么是k-mer？ k-mer：在生物信息学中，k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。 比如序列：GTAGAGCTGT,根据k值不同，可得到以下k-mer。 ...
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Tips | 提供JBrowse浏览器 = 公开了基因组！写在前面 早晨，一个老朋友（也是 TBtools 的老用户）与我联系，大体是问了我一个事情gbff转gff3是否可以用TBtools？答案当然是可以，但我不建议。主要原因有二...
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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使用Anaconda安装Biopython库1. 查看目前python的安装库; 1.1# conda list 1.2# pip list 1.3 # 使用电脑Anaconda的安装位置查看： C:\anaconda...
