00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
IP属地：湖北
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
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自己生成的bed文件输出到IGV的间隙性报错原因（勘误版）
最近因为疫情的原因一直呆在家里，然后突然一个师兄找我要了个bed文件，然后我就从服务器上down下来给了他。但很快师兄就反馈说这个bed文件加载不到IGV里面去。一直出现这个...
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GFF或GTF格式转bed
# 1. gff2bed和gtf2bed[#1-%E8%BF%99%E6%98%AF%E4%B8%80%E7%BA%A7%E6%A0%87%E9%A2%98] # 2. 自己...
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【转】基因组比对文件（SAM/BAM） Soft Clip 与 Hard ClipClip 的含义 Clip 作为名词讲，有剪下来的东西的意义，在SAM/BAM 比对文件里面，用于描述那些一条序列上，在序列两端，比对不上的碱基序列（还是很形象的，一条上比对...
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Python区间库interval快速入门
前言 使用python进行数据处理的时候，有时会遇到判断一个数是否在一个区间内的 操作，我们可以使用if else进行判断，但是，既然使用了python，那我们当然是想找一下...
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samtools merge命令
samtools merge命令的功能描述： 当有多个样本的bam文件时，可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多...
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perl 模块安装与使用
查看perl 版本 查看perl模块搜索路径 查看某个perl模块是否存在 模块安装方法1 —— 命令行形式安装Set::IntervalTree 模块安装方法2 —— co...
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几种RNA和蛋白互作检测的实验技术今天给大家分享几种RNA和蛋白互作检测的实验技术，实验方法在这里没有详细描述，只是让大家对这几种实验技术原理有个初步的认识了解。感兴趣的可以专门阅读文献去深入学习，下面我们来...
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snakemake搭建生信分析流程参考文章：https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/85330457https://www.jianshu.com/p...
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数据分析实战 | Hi-C数据格式转化Raw contact to .hic → juicer_tools 软件地址：https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Downlo...
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Python数据可视化（九）：维恩图绘制
使用matplotlib_venn包绘制维恩图[#%E4%BD%BF%E7%94%A8matplotlib_venn%E5%8C%85%E7%BB%98%E5%88%B6%E...
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IGV基因组浏览器打开BAM文件查看reads比对情况输入文件有：物种基因组序列文件、物种基因组注释文件、转录本比对后的BAM文件；以斑胸草雀为例：-基因组注释文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri...
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关于DNA正负链的定义
关于DNA正负链的定义 转载 http://blog.sina.com.cn/s/blog_8de3399d0102ycf9.html2018-12-07 12:43:51 ...
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Illustrator 教程，如何在 Illustrator 中重新着色图稿？欢迎观看Illustrator教程，小编带大家学习 Illustrator 的基本工具和使用技巧，了解如何在 Illustrator 中使用 「重新着色图稿」，完成图稿重新着...
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AI-如何利用重新着色图稿一秒换色我们打开AI，用矩形工具画出四个图案后，填充不同的颜色， 然后我们全选后，按住alt键后复制一层，用于与原图对比 全部选中几个方块后，我们打开编辑-编辑颜色-重新着色图稿，如...
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R包ggseqlogo |绘制序列分析图
简介 在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequence logo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。sequence logo图...
