关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
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NCS质感图表：Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰 -
不写代码，就永远不会有bug<br>修仙路上永不服输，再大的虫子也不怕
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单细胞差异基因可视化|Seurat和scanpy提取细胞簇主要差异基因(DEG)并绘制气泡图1.背景 单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可...
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复旦大学上海医学院博士在读
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两次单细胞差异分析后的结果进行相关性散点图绘制参考https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7m3V9AXonrCNc8w[https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7...
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盘一盘画相关性热图的几种方式R可视化相关性矩阵的几种方案 R中相关性矩阵的可视化解决方法在已经有很多了，我们在这里总结一些常用的都有哪些： ggplot2包 corrplot包 热图包(pheatmap...
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如何在诱惑与艰难中保持人性的尊严，赢得自己的尊重，并非易事，却很值得！！
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这里是佳奥<br><br>有疑问欢迎email或yuque平台<br><br>专注多组学挖掘基因，以及非模式植物的下游注释以及可视化工作
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【表观调控 实战】四、目标基因表达量、相关性的可视化与绘图这里是佳奥，这一篇我们主要在IGV内进行可视化操作。 由于只是学习过程，这里的数据我拿上一次跑ChIP-Seq的.bw文件作为示例。 仅做例子。 1 IGV可视化 载入：.b...
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一套比较简便的基因组组装流程
这套流程主要特点是消耗资源比较少，1G以内的基因组，内存不要低于128G，最好能搞到256G，但是再多对这套流程用不上，更大的基因组没有测试过。 测序数据为100x以上的Pa...
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【三维基因组】PyGenomeTrack之AB compartment可视化前期的时候，我们画ABcompartment 往往需要个性化嵌入以下代码： 自从研究了pyGenomeTrack之后，发现pyGenomeTrack也能实现ABcompart...
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scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（二）简介 scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等...
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中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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【细胞通讯】PlantPhoneDB（2）前面一个帖子主要介绍了PlantPhoneDB怎么做的和做了啥，今天这个帖子主要分享相关R包的使用和测试情况。 ====安装==== 首先需要安装相关的依赖包： instal...
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【R画图学习18.3】分半小提琴图下面是paper中的一个图，从图中可以看出，其实也是小提琴图，只不过是两个半面的小提琴图放在了一起。 我们今天就来测试它的画法。 我们从文中下载的所有基因在不同样品中的表达值...
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个人记录而已，不盈利，不保证对错，不回简信
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【三维基因组】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step2【Juicer loop】HiCCUPS HiCCUPS call loop的算法如上。 用法如下：hiccups [-m matrixSize] [-c chromosom...
