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  • 作者您好,我也遇到了无法合并 INS 类型的变异,这个问题,请问如何解决?

    SV 合并软件 SURVIVOR

    SURVIVOR 软件的功能: 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...

  • BSR-(RNA-seq)数据进行BSR分析

    使用工具GATK4。GATK基础RNA-seq分析完整版BSR参考GATK官方RNA-seq calling流程最新版的BSR分析流程流程参考WT 3个单株,混池。三个技术重...

  • 请问其他物种没有已知vcf的BaseRecalibrator这步怎么做?

    BSR-(RNA-seq)数据进行BSR分析

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  • gatk版本多少?

    RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程

    tags: RNA-seq GATK STAR SNP INDEL RNA-seq 序列比对 对 RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析,与常规重测序的主要区别就在序列比...

  • @闲暇的逮虾户 多谢多谢

    LD连锁不平衡和核苷酸多样性(pi,π)的关系

    LD连锁不平衡和PI的概念问题在此不再叙述,很多文章说明这些问题。 在此,我想说一下,LD曲线和核苷酸多样性的图的问题。 一般来说,LD连锁程度越高,表明两个SNP之间的相似...

  • R语言发送邮件

    对于用R来进行数据分析的伙伴们,难免会需要运行一些定时任务,那么定时任务怎么呈现出来呢?特别是对于一些数据报告,个人认为邮件是个不错的选择。目前接触到的用于发送邮件的R包有m...

  • 请教一下,*.mod.LTRlib.fa是得到的非冗余的lib库,那是不是应该用这个结果与其他库进行合并呢?还是用*.mod.nmtf.LTRlib.fa的这个结果与其他库合并呢

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    基因组重复序列检测:RepeatMasker的安装及使用

    RepeatMasker是重复序列检测的常用工具,通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列,属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...

  • 引用的哪篇论文方便分享一下吗

    LD连锁不平衡和核苷酸多样性(pi,π)的关系

    LD连锁不平衡和PI的概念问题在此不再叙述,很多文章说明这些问题。 在此,我想说一下,LD曲线和核苷酸多样性的图的问题。 一般来说,LD连锁程度越高,表明两个SNP之间的相似...

  • samtool index是给bam文件建索引的,应该用samtool faidx给fasta文件建索引

    【SV分析】01怎么下载物种的contig数据

    因为小编之前做过一段时间的SV分析,所以想在此分享一下做SV分析的过程。 今天先介绍如何下载物种的contig数据?这是SV分析的第一步。 这里我用Chimpanzee作为例...

  • Bioconda 安装与使用

    个人学习笔记,转载链接如下:作者:Hypdoctor链接:http://www.jianshu.com/p/b42e5d8127db來源:简书著作权归作者所有。商业转载请联系...