文章来源:R中的apply(),lapply(),sapply(),tapply()函数以及示例 本教程旨在介绍apply()函数集合。apply()函数是所有集合中最基本的...
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1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合,它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式,并能自动检测输入的格...
题外音:speedseq是一套流程,套用了大量三方软件,但是居然也能发到Nature Methods上!惊讶之余查看了一下代码,非常佩服,简直是教科书一样的模式,太赞了! 1...
TITLE: 全外显子测序数据分析AUTHOR: Shuntai Yu [TOC] 外显子是形成mRNA后剪接剩下的部分,包括UTR区与CDS,而CDS则是真正编码蛋白的...
熟悉R的朋友都会知道,dplyr包是对原始的数据集进行清洗、整理以及变换的有力武器之一。但是其使用会局限于你需要有打开R/R studio或者通过R脚本来执行dplyr。对于...
我们先来用专业的术语描述一下awk是什么,如果你看不懂,没关系,我们会再用"大白话"解释一遍。 awk是一个报告生成器,它拥有强大的文本格式化的能力,这就是专业的说法。 你可...
2020.2.13|Linux 线上课程第二讲 文本处理三驾马车grepgrep -v 反向选择输出没有匹配的行grep -n 显示匹配成功的行所在的行号grep -c 统计...
这一篇只是fastp的官方manual,后面再放实操。 1. 主要功能 质量检测 排除质量较差的reads 剪掉质量低的碱基片段 reads首尾剪切 校正低质量碱基 poly...
作者:Raymon T编辑:angelica 外显子组分析有助检测出和疾病相关的编码区突变,从而研究DNA变异对正常生物学机制与疾病发病机制的影响。继上篇关于外显子在实验方面...
作者:Bio_gevin审稿:童蒙编辑:amethyst 随着全基因组关联分析使用样本数量的增加,人们也逐渐认识到很多感兴趣的性状在本质上是由微效多基因控制。单个SNP的关联...
作者:charon审稿:童蒙编辑:amethyst 二代测序技术蓬勃发展,已经用于临床上辅助疾病诊断,利用二代测序数据挖掘孟德尔遗传病相关的基因及变异位点也是越来越普遍。近年...
所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
一 结果文件说明 1 VCF (Variant Call Format)是储存Variation结果的文件格式 该文件的#列为文件的详细解读信息 2 *.hg19_mul...
标记过滤指标概念 miss 缺失率,即标记缺失的比例 一般过滤0.1或者0.2;对于简化基因组的也有进行0.5的过滤的,看具体需求了 maf 最小等位基因频率 一般过滤0.0...