楼主merge之后包含novelgene的gtf文件是用prepDE.py提取的矩阵吗？我的merge文件报错：sample file /home/mRNA_merged.gtf was not generated with -e option!
stringtie merge与gene_id1.不进行merge的pipeline stringtie官方说明文档中说明如果对新的异构体不感兴趣，可以使用下面简单的pipeline进行定量，而不进行merge 也就是说...
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