哥，links_dims = 0p,2p,5p,2p,2p 这个写错了，是 link_dims，我说我试了半天没反应😂
circos使用笔记circos是用来展示数据的绘图工具，其数据展示方式主要通过配置文件来决定。不同的展示方式可通过不同的配置文件来进行设置，如染色体整体展示，添加刻度，柱状图，热图，添加文本标...
IP属地：广东
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blast主要方法使用总结（Linux）BLAST的主要理念 blast是区段比对，对于给定的两个序列，blast会把具有相似性的片段（hit）找出来，显示的是hit的信息。 Search may take pla...
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请问83和147是本身比对到负链，这个是否和链特异性建库有关？即RF建库和FR建库，83和147在两种建库方法上是否就是反过来了。
2020-06-17 BAM文件flag的释义
BAM文件中flag的释义一直很含糊，看了很多官方文档和博客都解释得似懂非懂，今天就详细地了解了一下，首先： 图中有两条记录，其中第二列即为flag值。这个值是由多个“基本的...
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads
把read比对到基因组之后，需要提取唯一比对来进行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都没有只输出唯一比对的命令，所以需要对比对结果sam文件进行提取，可以通过sam...
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感谢分享，把第一个大括号当成生成字典的函数就很容易理解了，因为按照字典特性，键名是唯一的，所以用ensg当成键名，相同键名的fpkm相加，相同键名出现重复则次数+1，之后用END进行求均值并输出。
👢[linux]awk按照某列分组求另一列均值
我这里先抛出问题，我手上有套数据：包含三列，第一列ensgid、第二列symbol，第三列fpkm值。数据问了老师，老师说相同的ensg对应的fpkm值，求均值。所以针对上方...
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👢[linux]awk按照某列分组求另一列均值
我这里先抛出问题，我手上有套数据：包含三列，第一列ensgid、第二列symbol，第三列fpkm值。数据问了老师，老师说相同的ensg对应的fpkm值，求均值。所以针对上方...
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请问exprSet.txt文件长啥样？有做去掉0表达的基因吗？
GSVA自定义基因集分析
微信公众号：研平方[#jump_10]关注可了解更多的科研教程及技巧。如有问题或建议，请在公众号留言欢迎关注我：一起学习，一起进步！[#jump_20] 已经很久没有再用R语...
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R语言传参2022-08-24
R语言传参快速使用脚本 简便版 进阶版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包传参 补充：系统自带的传参方法commandAr...
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default没设置也不是必须参数啊，必须参数是没有使用就会报错，这个不会报错，只是输出NULL
R语言传参2022-08-24
R语言传参快速使用脚本 简便版 进阶版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包传参 补充：系统自带的传参方法commandAr...
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请问第三种方法用的是什么命令？是samtools bam2fq吗？
bam2fastq(bam文件转fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq转换工具 picard中的SamToFastq转换工具 samtools亦可进行bam文件（到fq）的转换 总结一下 此三种方法，某...
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bam2fastq(bam文件转fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq转换工具 picard中的SamToFastq转换工具 samtools亦可进行bam文件（到fq）的转换 总结一下 此三种方法，某...
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叉_9be2 ·
感谢作者大大的分享，很全面。
不过有两个小问题没太懂：
1. emapper的结果文件中，不是已经包含kegg和pathway信息了么？为什么不能直接使用，还要从kegg官网上下载？
2. 从kegg官网下载json文件的时候，是否需要下载对应物种的？还是说那个ko00001文件包含了所有物种的信息啊？
麻烦作者大大啦！ -
#breaks
bk <- seq(-9,9,0.01) # len: 1801
# 做热图：
pheatmap(data1,
scale = "none",
color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(length(bk)-1), # len: 1800
legend_breaks=seq(-9,9,1),
breaks=bk)
这样更准确更易懂，博主这个例子对初学者太难了R语言pheatmap热图色条控制小技巧
本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 使用的是R语言的pheatmap包，先生成随机数据： data1如下： 查看数据范围： 使用上面的矩阵做热图，要求低值...
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你的matrix数据median这一列为什么不删掉，难道不是只是单纯的为了去重排序而建的？
复现：纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度
最近学习了生信菜鸟团的纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度,想复制作者的流程，但是发现了几个不一样的地方，所以重新整理流程，代码主要来自原作者Juan_NF。 文...
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请问m6Amonster这个包是什么？在哪里可以搜到这个包的详细信息？
exomePeak的使用
R：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/exomePeak.html 安装：# 看来作者更新的挺好 ...
