请问如何在已降维聚类好的seurat对象中筛选过滤基因呀,过滤后需要重新做标准化吗?谢谢大佬!
Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中,在确定细胞类型后,除了可以进行差异表达基因分析外,还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析,这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
请问如果是合并一个cluster的所有cell,前面pseudocell部分的代码怎么修改哇,感谢!
单细胞转录组WGCNA到底应该怎么做?在做单细胞转录组数据分析的时候,获得分群后我们希望知道每个群的marker基因是什么以此来描述细胞群的特征。其技术本质就是利用某种规则获得样本(高変基因)或者每个亚群(差异基...
请问mergedMEs是怎么获得的呢?谢谢!
单细胞转录组WGCNA到底应该怎么做?在做单细胞转录组数据分析的时候,获得分群后我们希望知道每个群的marker基因是什么以此来描述细胞群的特征。其技术本质就是利用某种规则获得样本(高変基因)或者每个亚群(差异基...
周老师请问一下您代码中的dynamicColors怎么来的,里面没有前后文呀……
请问在第一步是如何导入自己数据的HE图像呀?
10X单细胞空间联合分析回顾之squidpy新的一年,新的开始,既然选择了前方,只顾风雨兼程。 这一次,我们来继续回顾一下空间转录组的分析软件-------squidpy,当然了,我们主要关注10X空间转录组的分析内容...
请问sp_sc_joint是什么数据呀?
10X空间转录组绘图之细胞类型百分比饼图和空间密度分布图hello,周四了,一周又即将过去,不知道大家有没有感觉到时光飞逝,时间啊,慢些吧,给自己点时间可以思考。 这一篇教给大家一个简单的内容,画图,一张是细胞类型占比饼图,一张是...