基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Dispersed repeats），...
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转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响 -
小江同学
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基因功能注释根据已有的蛋白库，对从基因组上提取到的蛋白序列进行比对，从而获得相应的信息。 常用的数据库： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR...
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基因家族专题(3)：基因家族成员的鉴定
Data preparation 继续上次的内容，下载好数据后就可以正式开始鉴定了。首先回顾一下，下载好的数据。 基因组序列信息，存储基因组序列信息的.fasta文件。还有其...
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#Python#提取基因对应的蛋白质名提取基因对应的蛋白质官方名 最开始，是需要将基因跟其编码的蛋白质对应起来，找遍了各种数据库都没发现有相关的注释文件，Uniprot作为处理蛋白质的大佬，结果里都有，肯定有办法...
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Motif和domain的区别Protein domain： 结构域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去，结构域被描述为，折叠单位，致密结...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（下）最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺少cafe输出结果的解读及后面的可视化。最近在简书上也收到了...
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华中农业大学<br>园艺植物生物学教育部重点实验室
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GEO数据库挖掘—生信技能树B站视频以下是B站生信技能树GEO数据库挖掘的课程笔记 主要内容及学习目的： 介绍GEO数据库：了解数据存放位置； 介绍GSE项目的3种下载方式； 介绍ID转换：使用R语言技巧实现基...
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全基因组关联分析（GWAS）-统计方法与模型简介1、基本统计学概念 假设检验• 零假设(H0):即原假设• 备择假设(H1):与零假设对立的假设• 计算零假设(H0)成立的概率• 如果H0成立的概率很低(e.g. 5% o...
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计算bam文件中比对上基因组的reads以及合并多个bam文件
参考文章：1.如何统计BAM文件中的reads数2.Samtools常用命令的总结 当你有很多个bam文件时，想知道这些bam文件里有多少个比对上的reads，并且把它们输出...
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理解SAM文件格式以及过滤sam文件RNA-seq或者ChIP-seq等等测序的上游分析流程里的比对步骤相信大家都知道，我之前也只是按照各种教程去走流程，并没有仔细的研究过每一步的内容。今天这篇文章学习一下sa...
