NOVOPlasty 是一个perl脚本，没有依赖任何其他软件，下载好以后直接可以使用。下载链接https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty ...
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叶绿体基因组组装软件NOVOPlasty使用简介
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在windows使用Aspera上传数据到NCBI#1 安装Aspera 下载地址：https://downloads.asperasoft.com/connect2/NCBI首页也有提供下载： 到了下面这个页面，一步一步操...
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kobas 3.0 做基因功能富集http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3KOBAS是一种广泛使用的基因富集（GSE）分析工具。它的版本1.0和2.0分别于2005年和2011年发...
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使用MAKER进行基因注释(高级篇之AUGUSTUS模型训练）
准备训练集和测试集 根据Augutus的官方教程，可靠的基因结构序列的要求如下： 提供基因的编码部分，包含上游几KB。通常而言，基因越多，效果越好，至少准备200个基因以上。...
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使用MAKER进行注释: 学习MAKER的配置参数
MAKER配置文件详解 本文翻译自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_cont...
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使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练）GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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各个平台下 Perl 模块安装总结
作者：史提芬先森原文：https://www.yuque.com/shenweiyan/cookbook/how-to-install-perl-modules[https:...
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使用MAKER进行基因注释(高级篇之SNAP模型训练）
训练 ab initio 基因预测工具(以SNAP为例) 对于一个新的物种而言，你大概率是没有一个高质量的基因模型去进行基因预测。但是我们可以利用EST序列（少部分物种估计有...
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使用MAKER进行注释: 训练SNAP基因模型准备阶段 训练SNAP模型，需要准备三个文件，分别是参考基因组序列，组装的转录本序列和同源蛋白序列。 对于参考基因组序列，我们要保证N50需要超过预期基因长度的中位数，否则注...
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使用MAKER进行基因注释(基础入门）
在基因组注释上，MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列，将EST和蛋白序列比对到基因组，进行从头预测，并在最后整合这三个结果保证结果的可靠性。此外，MAKER还...
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利用3D-DNA挂载基因组使用二代数据或三代数据得到contig后，下一步就是将contig提升到染色体水平。对于二倍体物种而言，目前3D-DNA应该是组装效果最好的一个软件。 一：工作流程 使用3D...
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如何从BAM文件中提取fastq虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为sa...
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bam转fastq一直WARNING，并且两个fastq结果文件都是空的
下面这个报错信息较常见，但是如果每一条bam记录都是这样，就不常见了，我这两天遇到了这种情况。先看看正常情况下是如何报错的： WARNING: Query SRR328680...
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如何高效地从BAM文件中提取fastq
在一年前，我写过一篇文章，叫做如何从BAM文件中提取fastq，之前也发现了从BAM里面提取Fastq是有些麻烦，只不过最后通过samtools的子命令实现了数据提取，实现功...
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Hi-C数据质控原理
作者：ahworld链接：Hi-C数据质控原理来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 Hi-C数据质控原理-视频 Hi-C文库的插入片...
