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如何使用 Seurat 分析单细胞测序数据（ Q&A
1. 关于 QC Q：过滤线粒体基因是去除低质量 cell，核糖体基因用过滤吗？ A： Seurat 教程中没有提到用核糖体基因的 UMI 含量来过滤细胞，我看到的文献中基本...
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使用merge整合多组单细胞数据开始操作 第一步：准备原始测序数据 我们下载第一个：GSE106273_RAW.tar（183.5 Mb）[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
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R语言_文件读取与保存把外部数据读入R语言里以及在R语言处理的数据导出，怎么操作以及注意哪些细节： 1.认识csv格式2.认识分隔符3.将表格文件读入R语言，成为数据框4.将数据框导出，成为表格文...
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实验记录1：安装Cellranger与Seurat，下载数据
2018-9-21 梗概 安装单细胞测序数据处理软件Cellranger 安装R包Seurat 下载cellranger参考数据Human reference (GRCh38...
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Seurat包合并多个单细胞样本示例数据：GSE139324有63个samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241...
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Seurat Weekly NO.3|| 直接用Seurat画fig2Seurat Weekly NO.0 || 开刊词[https://www.jianshu.com/p/6f88d3df702b] Seurat Weekly NO.1 ||...
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单细胞基础知识补充1-R数据格式（RData、RDA、RDS）
写在前面： 开始做单细胞之前，报班或者看视频之后：好像也不是那么难，做的时候发现无数的坑。 因为没什么生信基础知识。 这些写教程的老六们，不会去写基础知识，导致感觉我学的单细...
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【函数整理版】从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象2022-06-15
适用背景 昨天写的文章[https://www.jianshu.com/p/8a81071571d9]介绍了Anndata对象转成Seurat对象的流程，但是比较稀碎，所以这...
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单细胞多样本混合Seurat对象取部分样本下游分析
###肿瘤样本提取 Idents(seurat_obj) <- "orig.ident" ##Idents函数定义要取的类别 sub_tumor<- subset(seur...
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10xGenomics单细胞转录seurat包提取表达量画小提琴图10xGenomics单细胞转录seurat包提取表达量画小提琴图 需求提取表达画小提琴图对噪音处理 需求 其实seurat包已经有画小提琴图的函数，VlnPlot，参数也较...
