IP属地：德克萨斯州
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TCGA FPKM 转化为 TPM
FPKM 一般来说不太好用，转为TPM进行后续的分析比较合适。下面是FPKM转化为TPM的R实现： 参考： RNA-Seq的Counts和FPK...
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Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R
前言 因为以前的分析流程要在Shell 和 R 之间切换，然后可控性还差，有点烦，正好最近有点数据要分析，干脆就重新建立一个 all in on...
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多个fasta文件中去除重复序列
前言 需求：N个fasta文件，里面的序列可能有大量的重复，但是其header并不一定相同，需要把他们合并并去重。 方法一 首先用cat命令将他...
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比较两个fasta文件是否相同
前言 最近碰到一个需求，比较两个fasta文件的所有序列是否一样，但是其名字无所谓是否相同，于是想了一个比较简单的办法，shell下面直接可以完...
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各种实验图像的定量方法划痕实验 使用imageJ插件：Wound Healing Tool 下载地址 http://dev.mri.cnrs.fr/attachmen...
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IGV导出SVG图片导入到AI里的方法
前言 从IGV里导出矢量图格式SVG，虽然可以直接用chrome查看，但是用AI打开编辑时会报错，并只剩下框架，没有各个tracks，如下图： ...
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用R绘制五元的Upset图和Venn图并绘制文本表前言 很多时候，韦恩图只适合在维数较低的时候使用，一旦集合多了，看起来会很复杂，可视性比较差，这个时候就需要用到upset图，虽然看起来没那么酷...
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VPS自动运行frps
由于国外超便宜的VPS总是自己重启，搞得我frps总要断，弄了一下crontab+小脚本自动检测 小脚本 crontab
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将ICGC的基因表达数据处理成表达矩阵（perl）小程序的目的 最近在搞ICGC的数据库，想作为TCGA数据挖掘的验证集，然后发现ICGC下下来的数据不能够直接用于分析，于是写个小的perl处理...