介绍 例1 例2 使用缩写代码指定自定义renderer 显示不同变量的不同统计信息 改变表的外观 - 使用内置的样式 p-values列 表格的转置 介绍 在流行病学和其相...
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R包table1创建网页格式的描述性统计表Table 1
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【R语言】clusterProfiler富集分析，物种注释数据库相信大家对Y叔的clusterprofiler这个R包并不陌生，一般做基因富集分析的时候都会用到这个R包。这个包非常实用，并且画出来的图也很不错。 其实小编前面已经花了不少篇...
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R语言ggplot2给PCA散点图结果上添加水平和垂直误差线公众号后台有读者留言问这个图的实现办法，这个图相比于普通的PCA散点图是多了一个垂直和水平的误差线，这个如何实现之前还没有尝试过，所以查了查资料，找到了一个参考链接 http...
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计算SNPs间的连锁不平衡（LD，linkage disequilibrium）基本概念 连锁不平衡（LD，linkage disequilibrium）是指 不同基因座（loci）的等位基因（allele）之间非随机（nonrandom）的关联。 两个...
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跟着Nature microbiology学画图:R语言pheatmap包画热图展示密码子RSCU值论文 Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVI...
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【R基础】R脚本解析命令行参数
1.命令行方式运行R脚本 (主要)命令行中指定解析器 $ Rscript test.R 命令行中省略解析器$ ./test.R,需在脚本中指定解析器，并基于可执行权限 #...
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bed文件转成等bin的bedgraph格式目的： 当你想可视化你所研究的数据在染色体上分布，可能会用到RIdeogram来画类似的图。如何整理成要求的输入文件格式呢？ 标准输入文件： 一定长度为bins 的count...
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R语言-05数据框创建，以及按条件取数据框数据
创建数据框 数据框是R语言的一种基础数据格式，通常excel等表格形式数据读入后都是数据框格式。 下例创建了一个3列5行的数据框，列的名字分别是site、season、pH ...
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6. GWAS：主成分分析——GCTA利用协方差矩阵，特征值和特征向量将高纬变量投影到数个低维变量的过程； PCA分析的过程就是从千万级别的SNP位点中提取关键信息，以便使用更少的变量就可以对样本进行有效的刻画和...
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1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
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9.3 GWAS：关联分析——EMMAXEMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为，每一个SNP对复杂性状的解释率都很低，每个组件的方差在运算中...
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本周最新文献速递20211114本周最新文献速递20211114 一、精细解读文献 一 文献题目： Mapping the proteo-genomic convergence of human disea...
