直接用作者给的fpkm矩阵做的话，用geneid作为gene_short_name的话，如何进行细胞分类呢 生信小白求指教
monocle常用命令总结Monocle是单细胞分析的常用R包之一，可进行细胞类型鉴定、差异表达、伪时间分析等。 1.安装Monocle 支持环境R3.4以上版本 获取Mnonocle： 先安装Bio...
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利用原始FPKM矩阵的话只有geneid，怎么进行细胞分类呢 生信小白求解
实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析
概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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@生信start_site 这个必须得变成批次样名字的细胞吗 如果后续想用monocle的话
单细胞测序实战（第一部分）
这次要练习的文章数据出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
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最后得到的all.id.txt第一行我是SRR*******.bam,请问如何变成X.SS2_15_0048_A1 X.SS2_15_0048_A2这种的呢
单细胞测序实战（第一部分）
这次要练习的文章数据出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
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您好 如果使用根据您的shell回顾那一篇进行分析得到的原始矩阵中是SRR6791475.bam这样类似的样本信息的话，那还能够提取批次信息吗，如果不能的话，那后续中df=data.frame(g=group_list,plate=plate,n_g=n_g)中的plate该如何定义呢 ，请指教，谢谢
单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵
刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲：熟悉文献作者提供的两个表达矩阵 笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：ht...
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请问您当时最后all.id.txt的行数（基因对比数）是五万多吗
单细胞测序实战（第一部分）
这次要练习的文章数据出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
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得出来的表达矩阵是不是得进行删减列才能进行后续操作呢
单细胞测序实战（第一部分）
这次要练习的文章数据出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
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@njmujjc 好的谢谢
hisat2+featurecounts+DESeq2
##从hisat2官网下载打包好的reference，然后比对## hisat2 -p 16 -x ../reference/hg19/hisat2/grch37_snp_t...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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@njmujjc 那如果我需要用monocle的话 就取自己需要的列是吗
hisat2+featurecounts+DESeq2
##从hisat2官网下载打包好的reference，然后比对## hisat2 -p 16 -x ../reference/hg19/hisat2/grch37_snp_t...
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10xgenomics做scRNA-seq
PATH=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/cellranger-2.2.0:$PATH ##fastq文件名字要改为SRR623...
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cut -f 1,7 gjy1_featurecounts.txt|grep -v '^#' > gjy1_rawcounts.txt
这个是什么意思呢hisat2+featurecounts+DESeq2
##从hisat2官网下载打包好的reference，然后比对## hisat2 -p 16 -x ../reference/hg19/hisat2/grch37_snp_t...
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用这些步骤得到的表达矩阵和作者给出的表达矩不是很相同，还需要做什么别的更改吗 ，比如删除chr那一列吗 初学者，望指教呀
单细胞转录组学习笔记-3-上游分析之shell回顾
刘小泽写于19.6.13-第二单元第一讲：单细胞转录组上游分析之shell回顾 笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在...
