所用数据为一个属内不同种不同群体的叶绿体基因组序列，数量为80条。 发现用全长序列建树的时候，不适合选用太多外类群，否则ML法中会导致属内分枝的枝长特别短。原因应该是基因间隔...
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三种方法构建系统发育树 学习笔记
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SNP过滤时常用参数的解析（群体遗传）关于为何要进行SNP的过滤： 第一，低质量和无信息的SNP会影响后续群体结构或GWAS的分析结果，甚至影响后续对生物学问题的解释；第二，群体研究时，由于测序的个体较多检测出来...
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您好，在过滤连锁不平衡位点中，第二步，将map文件中的第二列改为每个snp位点特有的标识符中，提供的示例代码可能出现了显示错误，您能不能在评论区把这段代码分享一下，麻烦您了
2022-01-10
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