分析差异翻译基因时,为了保证结果的正确性,除了使用Xtail软件外,也用riborex分析了一遍,该软件封装了常规转录组常用的三种差异分析框架DESeq2、edgeR、V...
基因翻译,即遗传密码从转录本到蛋白质的过程,也是功能基因能够发挥自身作用前的必经之路。基因的翻译效率收到很多因素的调控,这其中最直接的是基因本身的转录丰度,正常情况下,翻...
日常瞎掰 jupyter做为一种可以交互式的文本化编程工具,真的是越用越顺手,尤其是针对那些很快就执行完成的代码真的是所见即所得。做为代码笔记工具,jupyter也可以像...
作为生命科学的从事者,不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
日常瞎掰 通过标题大家已经知道今天我们分享的主要内容了。DoHeatmap这个函数来自于Seurat包,处理过单细胞的人应该都知道这个函数就是用来画每个cluster的m...
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列,对于这个需求有不少现成的软件可以来实现,今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件,废话不多说了,直接来看...
ChIP-seq、ATAC-seq等获取到基因组范围内的peak后,需要对其进行基因注释以便进行后续的分析。ChIPseeker做为peak注释的R包,用来很不错,但有时...
ChIPseeker用来做peak注释体验感确实很好,所以也经常用,为此还特意包装了一个性化脚本方便命令行直接使用,后台也有不少人获取脚本,省时省力能解决问题的工具当然是...